[日本語] English
万見
- PDB-6udg: Crystal structure of a Probable thiol peroxidase from Elizabethki... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6udg
タイトルCrystal structure of a Probable thiol peroxidase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
要素Thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / tpx / Thiol peroxidase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a Probable thiol peroxidase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thiol peroxidase
B: Thiol peroxidase
C: Thiol peroxidase
D: Thiol peroxidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3714
ポリマ－74,3714
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.590, 107.800, 113.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 or (resid 6 through 7...
21(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...
31(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...
41(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 5 or (resid 6 through 7...AA513
12LEULEULYSLYS(chain A and (resid 5 or (resid 6 through 7...AA6 - 714 - 15
13ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 or (resid 6 through 7...AA3 - 16511 - 173
14ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 or (resid 6 through 7...AA3 - 16511 - 173
15ASNASNLYSLYS(chain A and (resid 5 or (resid 6 through 7...AA3 - 16511 - 173
21THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...BB5 - 1313 - 21
22VALVALVALVAL(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...BB1422
23THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 5 through 13 or (resid 14...BB5 - 16513 - 173
31THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...CC5 - 1313 - 21
32VALVALVALVAL(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...CC1422
33ILEILELYSLYS(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...CC4 - 16512 - 173
34ILEILELYSLYS(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...CC4 - 16512 - 173
35ILEILELYSLYS(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...CC4 - 16512 - 173
36ILEILELYSLYS(chain C and (resid 5 through 13 or (resid 14...CC4 - 16512 - 173
41THRTHRGLYGLY(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...DD5 - 813 - 16
42ASNASNILEILE(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...DD9 - 1117 - 19
43ILEILELYSLYS(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...DD4 - 16512 - 173
44ILEILELYSLYS(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...DD4 - 16512 - 173
45ILEILELYSLYS(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...DD4 - 16512 - 173
46ILEILELYSLYS(chain D and (resid 5 through 8 or (resid 9...DD4 - 16512 - 173

-
要素

#1: タンパク質
Thiol peroxidase / Tpx / Peroxiredoxin tpx / Prx / Thioredoxin peroxidase


分子量: 18592.791 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: tpx, BD94_2659 / プラスミド: ElanA.00055.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EJK0, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Anatrace Morpheus screen, well g8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium Ltartrate, sodium ...詳細: Anatrace Morpheus screen, well g8: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium Ltartrate, sodium oxamate: 100mM MOPS/HEPES-Na pH 7.5: ElanA.00055.a.B1, PW38308, at 23mg/ml: cryo: direct: tray 294018 g8: puck xoe2-6.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月24日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.7 Å / Num. obs: 19753 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.84 % / Biso Wilson estimate: 64.797 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 14.18 / Num. measured all: 95601 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.724.9830.6182.847131143414310.8820.69399.8
2.72-2.794.9830.5013.397056141714160.9080.56299.9
2.79-2.874.9790.4523.746682134313420.9180.50799.9
2.87-2.964.9680.3364.966632133713350.9620.37799.9
2.96-3.064.9380.2576.026330128512820.9740.28999.8
3.06-3.174.9540.1987.486262126712640.9830.22299.8
3.17-3.294.910.1668.435809118311830.9860.187100
3.29-3.424.9130.12810.755674115611550.9920.14399.9
3.42-3.574.9130.09213.75596114011390.9960.10399.9
3.57-3.754.8680.07316.75121105510520.9970.08299.7
3.75-3.954.820.06518.564940102510250.9970.073100
3.95-4.194.7910.05620.7946289689660.9970.06399.8
4.19-4.484.7260.04723.7443869349280.9980.05299.4
4.48-4.844.7560.04427.1840098478430.9980.04999.5
4.84-5.34.7080.04127.9336637817780.9970.04699.6
5.3-5.934.6920.04427.4934257327300.9980.04999.7
5.93-6.844.5660.04129.2929046396360.9980.04699.5
6.84-8.384.4850.03532.2824715545510.9980.0499.5
8.38-11.854.2890.03536.0118834434390.9980.03999.1
11.85-48.73.8720.03433.989992702580.9990.03895.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4je1A

解像度: 2.65→48.7 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2805 2096 10.63 %
Rwork0.2095 --
obs0.2171 19723 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 206.73 Å2 / Biso mean: 80.7365 Å2 / Biso min: 38.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→48.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4546 0 0 11 4557
Biso mean---56.5 -
残基数----648
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7336327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4492738
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006859
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2619X-RAY DIFFRACTION12.011TORSIONAL
12B2619X-RAY DIFFRACTION12.011TORSIONAL
13C2619X-RAY DIFFRACTION12.011TORSIONAL
14D2619X-RAY DIFFRACTION12.011TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.710.40761510.35411511302100
2.71-2.780.43651460.326211201266100
2.78-2.850.42751500.314211651315100
2.85-2.940.38311180.291411611279100
2.94-3.030.41151400.28551151129199
3.03-3.140.41831350.270311671302100
3.14-3.270.31991390.265111541293100
3.27-3.420.33191020.24212031305100
3.42-3.60.30631320.208311931325100
3.6-3.820.25681550.20111531308100
3.82-4.120.32761160.195612001316100
4.12-4.530.22531700.1681142131299
4.53-5.190.23661380.160811971335100
5.19-6.530.22851560.209411971353100
6.53-48.70.22531480.16861273142198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5441-1.58210.14033.06870.99354.0256-0.1512-0.16690.44890.06860.11450.2444-0.1719-0.23160.0720.38850.01410.05150.43630.02980.7449-15.23669.1545-27.6511
22.77930.41510.35995.9109-0.86585.657-0.1348-0.3619-0.62310.39290.2524-0.02080.18780.0999-0.17080.45820.08850.08260.45490.05240.65559.812428.2507-16.4513
33.47650.4837-0.52063.475-1.83766.263-0.27620.52610.3-0.84530.45180.79970.0387-0.3571-0.17480.6632-0.143-0.11830.54990.13120.76095.989936.3675-45.6495
45.3304-1.8524-0.79331.92270.6431.43320.10260.3425-0.0864-0.38080.0801-0.69690.00630.2465-0.2080.5277-0.0780.15260.5174-0.16320.957310.06760.448-42.8723
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 165)A3 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 5 through 165)B5 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 4 through 165)C4 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 4 through 165)D4 - 165

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る