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- PDB-5zc0: Crystal structure of Xenopus embryonic epidermal lectin in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zc0
タイトルCrystal structure of Xenopus embryonic epidermal lectin in complex with Samarium ions
要素Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding protein / lectin / intelectin / XEEL / Samarium
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / protein hexamerization / transport vesicle / secretory granule / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Intelectin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wangkanont, K.
資金援助 タイ, 3件
組織認可番号国
Chulalongkorn UniversityGDNS 59-059-23-020 タイ
Chulalongkorn UniversityDNS 61-011-23-003-2 タイ
Institute for the Promotion of Teaching Science and Technology018/2559 タイ
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: Structural stabilities of calcium proteins: Human intelectin-1 and frog lectin XEEL
著者: Kozak, J.J. / Gray, H.B. / Garza-Lopez, R.A. / Wangkanont, K.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
B: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
C: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
D: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
E: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
F: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,45945
ポリマ－189,9186
非ポリマー4,54139
水2,954164
1
A: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
B: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
C: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,45524
ポリマ－94,9593
非ポリマー2,49621
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
2
D: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
E: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
F: Xenopus Embryonic Epidermal Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,00421
ポリマ－94,9593
非ポリマー2,04518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area26750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.300, 111.410, 124.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Xenopus Embryonic Epidermal Lectin / Embryonic epidermal lectin / Xeel


分子量: 31653.029 Da / 分子数: 6
断片: carbohydrate recognition domain, UNP residues 51-339
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: itln1 / プラスミド: pFastBac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5PPM0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 % / Mosaicity: 0.62 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM Tris-HCl, 20-24% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.26522 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.26522 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→34.19 Å / Num. obs: 146681 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 18.81 Å2 / CC1/2: 0.959 / Rmerge(I) obs: 0.46 / Rpim(I) all: 0.178 / Rrim(I) all: 0.493 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.75-2.817.51.84845430.5510.7271.98797
13.47-34.196.80.16360.9910.0420.10992.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.42 Å34.19 Å
Translation7.42 Å34.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WN0

4wn0


解像度: 2.75→34.188 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 7752 5.29 %
Rwork0.1964 --
obs0.1986 146681 97.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.31 Å2 / Biso mean: 19.0811 Å2 / Biso min: 0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→34.188 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13050 0 39 164 13253
Biso mean--30.39 13.38 -
残基数----1686
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02413670
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.67518360
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0961854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122442
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7844890
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.75-2.84830.3149380.2744135021444096
2.8483-2.96220.32246590.2616139921465197
2.9622-3.0970.29987130.2411138021451597
3.097-3.26010.2668820.2351137171459997
3.2601-3.46420.27567560.2283138571461398
3.4642-3.73140.25117080.1924140231473198
3.7314-4.10630.21038950.1627138161471198
4.1063-4.69920.17746810.1438140501473198
4.6992-5.91550.17878150.1564139861480198
5.9155-34.19080.18827050.1656141011480699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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