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- PDB-6udf: Crystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6udf
タイトルCrystal structure of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Mycobacterium kansasii / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / InhA
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / response to antibiotic / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium kansasii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal stucture of Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (InhA) from Mycobacterium kansasii
著者: Abendroth, J. / Davies, D.R. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2019年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9883
ポリマ－29,8961
非ポリマー922
水4,666259
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,95312
ポリマ－119,5854
非ポリマー3688
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_445-y-1,-x-1,-z1
crystal symmetry operation10_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area15550 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area36310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.980, 92.980, 182.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-478-

HOH

21A-531-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]


分子量: 29896.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium kansasii (バクテリア)
遺伝子: inhA, BZL29_3124, BZL30_8369 / プラスミド: MykaA.00472.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A1V3XDT0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Optimization condition around Microlytic MCSG1 screen, condition F8: 3000mM sodium formate pH 7.0: MykaA.00472.a.B1.PS38576, at 27.1mg/ml: cryo: 20%EG: tray 311486 b1: puck ybk8-4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年8月23日 / 詳細: Rigaku VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 29565 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 28.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 36.94
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.95-26.8980.5443.5321540.90.58899.9
2-2.068.1980.3945.5521110.9530.4299.9
2.06-2.129.1330.3267.320470.9720.34699.9
2.12-2.1810.1070.23410.8619660.9880.24699.9
2.18-2.2510.7460.19713.419510.9910.207100
2.25-2.3311.4660.16815.8918490.9950.17699.7
2.33-2.4212.6120.1419.7517800.9980.14699.5
2.42-2.5214.2490.12423.8717360.9980.12999.7
2.52-2.6314.2830.10627.1216820.9980.1199.9
2.63-2.7614.4080.08332.8215890.9990.08699.6
2.76-2.9114.4270.06739.0715280.9990.0799.6
2.91-3.0814.4420.05547.4114360.9990.056100
3.08-3.314.40.04158.57137510.04299.7
3.3-3.5614.3750.03273.19127010.03399.8
3.56-3.914.2550.02790.61117910.02899.7
3.9-4.3614.2740.02299.34106310.02398.9
4.36-5.0414.0830.02106.2995910.02199.9
5.04-6.1713.890.02395.248340.9990.024100
6.17-8.7213.4520.019103.3566110.02100
8.72-5011.6860.016109.739510.01798.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2h7i

2h7i
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.95→46.49 Å / SU ML: 0.2041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5248
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1974 6.68 %0
Rwork0.1619 ---
obs0.1639 29548 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 6 259 2267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00622088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82112844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056370
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.48711263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.23491190.21351961X-RAY DIFFRACTION99.9
2-2.050.21461380.17981943X-RAY DIFFRACTION99.95
2.05-2.110.21451400.18321938X-RAY DIFFRACTION99.9
2.11-2.180.20891570.17741916X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.260.23291330.17371952X-RAY DIFFRACTION99.95
2.26-2.350.22951620.18341929X-RAY DIFFRACTION99.76
2.35-2.460.24041480.18511925X-RAY DIFFRACTION99.62
2.46-2.590.26461410.18851964X-RAY DIFFRACTION99.72
2.59-2.750.22931440.18411959X-RAY DIFFRACTION99.72
2.75-2.960.1951360.18041952X-RAY DIFFRACTION99.76
2.96-3.260.19431480.1721965X-RAY DIFFRACTION99.86
3.26-3.730.15651200.14292026X-RAY DIFFRACTION99.81
3.73-4.70.14271330.12152022X-RAY DIFFRACTION99.45
4.7-46.490.17971550.15792122X-RAY DIFFRACTION99.82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.31334260428-0.244649225592-0.5016253102321.93568668883-0.8506558970352.36379209462-0.0545718178973-0.05201316942660.3561271164290.1826277715430.118594382828-0.297138831389-0.5746424214090.208641046291-0.06702322334220.453855697438-0.08886187242020.01943744075660.172694946068-0.03478838087530.316691354323-37.3173663991-17.65890699785.31015578551
24.4346218045-0.7093483253321.089787091452.71773814130.7154517387983.78549857812-0.0609503634381-0.1372932055410.4475250285080.198251520641-0.0173712011796-0.0187665619038-0.715245806521-0.4832218789210.01739381299050.645914655527-0.03612995925480.03939612426770.191173853464-0.004829443945630.350209148588-44.469521068-9.847674607868.09051630507
31.863761579971.306485510690.2679435051082.77713798667-0.5445599900211.65439442337-0.02202412151630.01697902037250.7046392481-0.06251932554430.07254945725670.300305752685-0.748462676452-0.0486532474353-0.01926442008010.6812452507260.02823460306750.09265417851370.1964121608040.007292087961490.420057222936-49.029771119-10.1886136931-2.28177899913
41.335479987160.2131981068680.2538291864881.660803919540.01837074404251.382271002220.0438443460820.02364320383580.2034895292540.01542034417660.02778471918820.0457871101672-0.414878522946-0.0704974867493-0.09134739165580.2546111405470.03040246736520.02885505200320.1303325873810.01118325810710.192001785966-51.351271174-27.7821225111.05736265368
52.168452793194.03378179967-1.08437978938.78546483657-4.667287261836.23772948241-0.471265010485-0.3888263332410.2648924049960.6034261845410.418794467479-0.124976990313-0.330036842239-0.6025010429570.1206646366010.7391278149530.0659799257022-0.06747684293820.448199530548-0.1119370930820.465140594827-54.2288580085-27.772340480122.7121201623
61.55869943650.2471092556390.05875053269631.69135471721-0.05143411315862.316006777890.0707085427891-0.166680832050.1012855209710.364373959657-0.0315464913336-0.00525963332938-0.2701771471170.128448544049-0.06590829367690.240935680549-0.02621156431820.02047757203520.148189315785-0.03856197792680.199333909366-39.9198986416-34.88656133110.5555142374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 53 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 82 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 196 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 197 through 209 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 210 through 269 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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