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- PDB-6uch: SMARCB1 nucleosome-interacting C-terminal alpha helix -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uch
タイトルSMARCB1 nucleosome-interacting C-terminal alpha helix
要素SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / mSWI-SNF complex / BAF complex / Chromatin Remodeling / SMARCB1 / BAF47 / Positive charge cluster / Arginine cluster / Nucleosome Binding / Alpha Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation ...single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / blastocyst hatching / regulation of G0 to G1 transition / hepatocyte differentiation / Tat protein binding / XY body / RSC-type complex / regulation of nucleotide-excision repair / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / host-mediated activation of viral transcription / nucleosome disassembly / germ cell nucleus / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / DNA integration / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / fibrillar center / p53 binding / nervous system development / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Valencia, A.M. / Sun, Z.Y.J. / Seo, H.S. / Vangos, H.S. / Yeoh, Z.C. / Mashtalir, N. / Dhe-Paganon, S. / Kadoch, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Recurrent SMARCB1 Mutations Reveal a Nucleosome Acidic Patch Interaction Site That Potentiates mSWI/SNF Complex Chromatin Remodeling.
著者: Valencia, A.M. / Collings, C.K. / Dao, H.T. / St Pierre, R. / Cheng, Y.C. / Huang, J. / Sun, Z.Y. / Seo, H.S. / Mashtalir, N. / Comstock, D.E. / Bolonduro, O. / Vangos, N.E. / Yeoh, Z.C. / ...著者: Valencia, A.M. / Collings, C.K. / Dao, H.T. / St Pierre, R. / Cheng, Y.C. / Huang, J. / Sun, Z.Y. / Seo, H.S. / Mashtalir, N. / Comstock, D.E. / Bolonduro, O. / Vangos, N.E. / Yeoh, Z.C. / Dornon, M.K. / Hermawan, C. / Barrett, L. / Dhe-Paganon, S. / Woolf, C.J. / Muir, T.W. / Kadoch, C.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7481
ポリマ－4,7481
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / BRG1-associated factor 47 / BAF47 / Integrase interactor 1 protein / SNF5 homolog / hSNF5


分子量: 4748.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47, INI1, SNF5L1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12824

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCA
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D 1H-15N NOESY
182isotropic12D NOESY
172isotropic12D TOCSY
1121isotropic12D 1H-15N HSQC
1111isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] SMARCB1CC, 137 mM NaCl, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 90% H2O/10% D2O15N13C-SMARCB1CC90% H2O/10% D2O
solution2230 uM SMARCB1CC, 137 mM NaCl, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 100% D2Ounlabeled-SMARCB1CC100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMSMARCB1CC[U-100% 13C; U-100% 15N]1
137 mMNaClnatural abundance1
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance1
10 mMNa2HPO4natural abundance1
1.8 mMKH2PO4natural abundance1
230 uMSMARCB1CCnatural abundance2
137 mMNaClnatural abundance2
2.7 mMpotassium chloridenatural abundance2
10 mMNa2HPO4natural abundance2
1.8 mMKH2PO4natural abundance2
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: cryogenic probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
hmsISTHyberts and Wagner解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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