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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uam
タイトルApo-form Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
要素Putative ryanodine receptor
キーワードMETAL TRANSPORT / Alpha Fold / PSI-BIOLOGY / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / calcium channel complex / sarcolemma / Z disc / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Ryanodine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Wu, R. / Joachimiak, A. / Jedrzejczak, R. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo-form Dimer of Y77A Mutant Putative Ryanodine Receptor from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
著者: Wu, R. / Joachimiak, A. / Jedrzejczak, R.
履歴
登録2019年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ryanodine receptor
B: Putative ryanodine receptor
C: Putative ryanodine receptor
D: Putative ryanodine receptor
E: Putative ryanodine receptor
F: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,52716
ポリマ－72,0066
非ポリマー1,52110
水30617
1
A: Putative ryanodine receptor
B: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6716
ポリマ－24,0022
非ポリマー6684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
2
C: Putative ryanodine receptor
D: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3785
ポリマ－24,0022
非ポリマー3763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
3
E: Putative ryanodine receptor
F: Putative ryanodine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4785
ポリマ－24,0022
非ポリマー4763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.623, 89.993, 74.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative ryanodine receptor


分子量: 12001.018 Da / 分子数: 6 / 変異: Y77A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247 / プラスミド: pMCSG50 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A5J2
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.5M sodium citrate, 0.1M Bis-tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 22375 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 0.792 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 72329
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.8-2.853.40.66511350.907199.7
2.85-2.93.40.6211270.905199.7
2.9-2.963.40.46611140.929199.9
2.96-3.023.30.36211410.938199.7
3.02-3.083.40.33811420.921199.7
3.08-3.153.30.30111200.843199.8
3.15-3.233.30.25311260.904199.6
3.23-3.323.30.19911170.884199.5
3.32-3.423.30.1511320.838199.2
3.42-3.533.30.11911200.853199
3.53-3.653.30.10111160.843199.4
3.65-3.83.30.08411050.776198.2
3.8-3.973.20.07311200.751198.4
3.97-4.183.20.06210980.705196.8
4.18-4.443.10.05611070.644196.9
4.44-4.793.10.04710920.589197.4
4.79-5.273.10.04711450.55197.4
5.27-6.033.10.05310920.593197.2
6.03-7.593.20.05211290.627196.7
7.59-502.80.05210970.683193.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.802→37.806 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 1132 5.09 %
Rwork0.189 --
obs0.1923 22240 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 159.92 Å2 / Biso mean: 52.3896 Å2 / Biso min: 15.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.802→37.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4649 0 102 17 4768
Biso mean--83 50.47 -
残基数----564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8022-2.92970.34031330.2545261597
2.9297-3.08410.32571610.23452668100
3.0841-3.27730.30661380.2212652100
3.2773-3.53010.28131450.1917269299
3.5301-3.88510.26221420.1786268099
3.8851-4.44650.21231290.1581266299
4.4465-5.59920.21121500.1678264498
5.5992-37.8060.2211340.1878249591
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19912.5107-0.05652.8786-0.14231.5064-0.2250.48270.15410.27240.4013-0.16510.96611.1927-0.14960.2378-0.074-0.00220.7658-0.09180.32729.4276-5.352537.4618
24.62781.85620.76722.76011.41174.78140.0182-0.04910.38380.1350.2748-0.0165-0.48840.0598-0.32760.23870.0581-0.04780.3368-0.06850.320514.03578.394145.489
36.59560.28620.14944.0071-1.9185.4715-0.28050.52330.3935-0.0872-0.0349-0.7582-0.90710.35740.23740.7975-0.04820.02260.4994-0.09811.028922.853624.985341.5746
41.0936-1.17290.25031.1347-0.55142.7885-0.1934-0.2972.3478-0.28650.0624-0.3895-1.09720.3308-0.08950.6819-0.06220.07810.603-0.18181.017521.148223.51742.8285
54.0016-3.06182.27792.6801-3.2824.90170.0045-0.10790.3469-0.66880.2414-0.1739-0.1349-0.3255-0.1020.294-0.0242-0.04630.3026-0.0250.339917.78683.778438.6417
62.0716-1.45051.97850.3195-0.76862.7716-0.0793-0.7221-0.7164-0.12670.2919-0.35121.0675-0.9727-0.22820.5292-0.0677-0.07070.30230.00170.515414.9556-11.989548.7704
71.13690.43920.21030.15070.0608-0.001-0.32120.45181.2867-0.2291-0.12670.5018-1.415-0.45720.43581.32280.0119-0.06991.31530.18581.09077.901626.551745.0847
83.19751.119-2.06012.13860.76752.3310.2759-0.76980.43980.3050.34870.3746-0.2488-0.8856-0.49530.59770.186-0.05220.6062-0.10690.38511.8655.852855.7291
93.7332.06-3.36875.7185-4.01588.8318-0.12350.051-0.01320.0333-0.0999-0.6054-0.27380.20740.25930.20750.0324-0.02740.3729-0.02740.2429.8790.689644.2893
102.9448-0.91361.3853.50660.32181.0993-0.21540.15131.0168-1.0402-0.0241-0.523-0.90550.3107-0.03960.6859-0.1020.12720.6160.24430.648336.787916.135638.1585
112.45613.45121.0193.37920.44392.61890.4369-0.95730.06320.4321-0.4704-0.2179-0.07030.28850.01810.3008-0.0037-0.07920.4864-0.01390.304325.6244.121851.3383
121.92491.81645.4931.9447-4.81783.57050.81620.2734-1.50780.7487-1.04360.63811.2804-0.9846-0.07170.2197-0.0279-0.16970.70290.0430.44813.9858-10.848751.1713
132.13950.1063-2.04212.7419-1.59722.99410.0375-0.3285-1.22360.0756-0.0379-0.61490.21360.0238-0.03110.32930.0526-0.08130.4748-0.10860.303-1.2777-16.90628.6464
142.4639-4.4661-2.54544.61911.07992.32380.1207-0.6920.77070.00720.016-0.3874-0.0479-0.101-0.06580.187-0.009-0.0570.24260.08080.2614-1.87524.608532.5931
159.0334-1.9130.83823.7626-1.3954.21340.3127-0.38710.07780.27020.05410.06540.196-0.3901-0.30980.28450.0144-0.0330.4111-0.09780.2994-14.38765.499541.3685
163.4289-0.964-1.73585.17785.43182.4176-0.271-0.2736-0.17270.33250.02360.68450.93640.35470.1490.25540.0076-0.03090.23540.08560.29830.6826-5.938432.8478
172.19979.1056.67042.2376.33965.27510.12210.9080.845-1.641-0.1194-1.0056-0.42221.2299-0.17070.53490.12420.05260.7322-0.11790.339211.4244-2.97519.2321
183.2341-1.5591-2.45033.37381.94573.73110.2395-0.3550.3535-0.61310.0277-0.0742-1.0190.0096-0.2660.24750.0247-0.07540.5617-0.03630.3229-3.21810.942225.7932
193.91661.7498-4.19052.5898-2.62776.7703-0.20320.0032-0.3119-0.0983-0.24540.05560.4047-0.24410.37490.2010.0040.00070.3054-0.05730.2587-11.577-10.873328.8143
205.27220.5552-3.91741.9162-2.06814.6508-0.12970.38050.0679-0.10580.08730.04440.0921-0.41150.22220.2936-0.0594-0.04460.31440.02260.2326-19.4308-11.479332.1604
214.71981.88142.44724.3329-0.14895.8378-0.10950.44130.41320.03870.0966-0.094-0.14090.46070.01810.28890.0024-0.01140.26650.01150.1652-1.4585-0.96920.7855
224.4564-1.5363-0.36289.3946-1.59054.9532-0.2074-0.8655-0.8971.1220.3633-0.12780.0314-0.7277-0.10160.4048-0.1885-0.10060.4840.1140.4191-22.0851-15.57234.9434
236.9327-3.1551-1.27096.08310.50252.81650.5254-0.2282-0.2975-0.6814-0.1822-0.02590.03410.5013-0.00690.1702-0.0464-0.03470.5378-0.03470.266-7.4435-6.2317-8.9623
245.8805-2.7101-1.73374.79752.22071.50820.0129-0.0086-1.14660.0873-0.07280.01771.16450.97370.12530.61780.16670.03080.5847-0.03380.61062.1857-22.0494-12.0011
255.5314-1.6264-4.10773.1973.32672.89340.04760.6246-0.5033-0.0867-0.2790.34580.2554-0.34220.27530.41970.0861-0.06740.2769-0.05950.2819-14.5217-10.1664-7.7378
264.5416-0.59080.78471.97871.81511.9622-0.1109-0.68170.75190.3277-0.25680.5124-1.3403-0.44020.15460.68570.04970.0930.4509-0.1160.3501-18.86265.88442.7038
271.6546-0.9793-1.1094.30933.48627.5706-0.04430.65560.2234-0.3249-0.1861-0.0282-1.59320.59720.20710.47760.07290.03350.7297-0.02130.2733-0.3906-0.708-5.9934
282.6431.0309-0.11510.15021.59924.1151-0.03220.0715-0.3670.061-0.0970.4780.5069-0.18420.06310.2905-0.06070.0380.37040.01850.2651-13.4043-13.81946.0281
294.5947-2.4101-0.46932.0161.99693.76430.4371.16410.0147-0.6064-1.3046-0.63692.03860.89760.07891.2928-0.23350.37350.2413-0.24011.1129-8.0686-31.6753-3.0587
306.84530.48541.65126.4866-1.13192.10070.2066-0.2128-0.95070.23250.0473-0.341-0.0564-0.7187-0.06090.4988-0.0174-0.0390.4490.140.5002-7.7501-23.38157.3108
314.7894-1.93841.81398.5013-3.3663.6452-0.17480.10840.04810.2362-0.066-0.38590.26470.31990.19130.26240.0311-0.03810.2374-0.00880.2091-5.5135-7.05762.9042
325.38060.5591-2.67263.38460.27172.0257-0.3384-0.87230.7670.3167-0.00240.3571-1.3968-1.52540.30120.65580.2045-0.12190.3901-0.08960.4914-17.04146.06354.8511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 21 )A7 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 46 )A22 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 56 )A47 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 57 through 66 )A57 - 66
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 67 through 91 )A67 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 92 through 99 )A92 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 4 through 8 )B4 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 9 through 21 )B9 - 21
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 22 through 46 )B22 - 46
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 47 through 66 )B47 - 66
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 67 through 91 )B67 - 91
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 92 through 99 )B92 - 99
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 7 through 21 )C7 - 21
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 22 through 45 )C22 - 45
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 46 through 71 )C46 - 71
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 72 through 91 )C72 - 91
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 92 through 100 )C92 - 100
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 7 through 21 )D7 - 21
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 22 through 55 )D22 - 55
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 56 through 71 )D56 - 71
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 72 through 100 )D72 - 100
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 6 through 21 )E6 - 21
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 22 through 45 )E22 - 45
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 46 through 65 )E46 - 65
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 66 through 91 )E66 - 91
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 92 through 100 )E92 - 100
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 7 through 21 )F7 - 21
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 22 through 45 )F22 - 45
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 46 through 60 )F46 - 60
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 61 through 71 )F61 - 71
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 72 through 91 )F72 - 91
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 92 through 100 )F92 - 100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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