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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uaf
タイトルCrystal Structure of the Metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia in the Complex with Hydrolyzed Imipnem
要素Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
キーワードHYDROLASE / lactam antibiotics / carbapenem / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HIW / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia in the Complex with Hydrolyzed Imipnem
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6174
ポリマ－31,1691
非ポリマー4483
水3,999222
1
A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子

A: Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,47016
ポリマ－124,6774
非ポリマー1,79312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area9090 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area39040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.835, 104.835, 98.627
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-442-

HOH

21A-609-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase)


分子量: 31169.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: Smlt2667 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: B2FTM1, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-HIW / (2R,4S)-2-[(1S,2R)-1-carboxy-2-hydroxypropyl]-4-[(2-{[(Z)-iminomethyl]amino}ethyl)sulfanyl]-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-ca rboxylic acid / Hydrolyzed Imipenem


分子量: 317.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 7.0, 20 % w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 26020 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 23.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 40.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 6.29 / Num. unique obs: 1258 / CC1/2: 0.966 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID 6U0Y

6u0y


解像度: 1.9→34.31 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 1265 5.02 %random
Rwork0.172 ---
obs0.1738 25212 96.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 0 23 222 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.782856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.371673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.25491250.21282644X-RAY DIFFRACTION98
1.97-2.060.2521220.20012647X-RAY DIFFRACTION98
2.06-2.170.24651270.19422623X-RAY DIFFRACTION97
2.17-2.30.23851520.18942610X-RAY DIFFRACTION97
2.3-2.480.24511600.19722547X-RAY DIFFRACTION95
2.48-2.730.27761380.20612604X-RAY DIFFRACTION96
2.73-3.130.24651380.20222640X-RAY DIFFRACTION96
3.13-3.940.17671520.15372708X-RAY DIFFRACTION97
3.94-34.310.14651510.13312924X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3562-0.2126-0.5780.58020.43141.23-0.01180.0925-0.26960-0.11480.04850.0993-0.04320.09720.2640.0368-0.00230.22370.01660.251224.441719.86267.993
21.2412-0.4798-0.32911.2787-0.26741.1934-0.0437-0.0949-0.04960.0452-0.009-0.16250.05840.11810.050.15820.0413-0.00190.17610.00350.159235.723926.27269.9826
30.6329-0.01930.08010.9551-0.28590.608-0.0318-0.0512-0.0110.0628-0.0407-0.0552-0.02530.04080.07760.1850.0505-0.00110.204-0.00060.189728.341937.15073.7415
41.84740.3041-0.19631.42880.17541.84120.03210.3708-0.3876-0.3003-0.1982-0.35570.24270.21290.08940.22710.08290.07470.30770.02730.325942.481326.6676-6.3703
51.8016-0.08050.16151.4411-0.08041.17370.05360.08210.0295-0.2619-0.05320.13830.0137-0.026-0.01670.23730.0557-0.02980.2126-0.01440.187822.178534.5996-8.8088
61.5024-0.1353-0.68851.0618-0.06982.1103-0.06290.113-0.465-0.03090.0402-0.03690.4486-0.00530.08690.35060.06850.01990.2083-0.02550.260332.159315.8157-6.308
74.1215-1.73331.26232.0591-0.25951.320.26990.0952-0.1045-0.2927-0.10.18020.2906-0.1587-0.17170.33180.0412-0.05260.2806-0.04980.233616.603628.1036-14.1269
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 128 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 204 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 205 through 244 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 245 through 266 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 267 through 289 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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