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- PDB-6uaf: Crystal Structure of the Metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uaf | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia in the Complex with Hydrolyzed Imipnem | ||||||
![]() | Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase) | ||||||
![]() | HYDROLASE / lactam antibiotics / carbapenem / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia in the Complex with Hydrolyzed Imipnem Authors: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 128.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 92.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 735.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 735.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6u0yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 31169.312 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K279a / Gene: Smlt2667 / Production host: ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-HIW / ( | ||||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2 M sodium malonate pH 7.0, 20 % w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 21, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 26020 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 23.94 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 40.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 20.4 % / Rmerge(I) obs: 0.692 / Mean I/σ(I) obs: 6.29 / Num. unique obs: 1258 / CC1/2: 0.966 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDBID 6U0Y Resolution: 1.9→34.31 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.36
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→34.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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