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- PDB-6u9i: Crystal structure of BvnE pinacolase from Penicillium brevicompactum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u9i
タイトルCrystal structure of BvnE pinacolase from Penicillium brevicompactum
要素BvnE
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Pinacolase
機能・相同性isomerase activity / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative isomerase
機能・相同性情報
生物種Penicillium brevicompactum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.777 Å
データ登録者Ye, Y. / Du, L. / Zhang, X. / Newmister, S.A. / McCauley, M. / Alegre-Requena, J.V. / Zhang, W. / Mu, S. / Minami, A. / Fraley, A.E. ...Ye, Y. / Du, L. / Zhang, X. / Newmister, S.A. / McCauley, M. / Alegre-Requena, J.V. / Zhang, W. / Mu, S. / Minami, A. / Fraley, A.E. / Adrover-Castellano, M.L. / Carney, N. / Shende, V.V. / Oikawa, H. / Kato, H. / Tsukamoto, S. / Paton, R.S. / Williams, R.M. / Sherman, D.H. / Li, S.
資金援助 米国, 中国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA070375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118101 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21472204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800041 中国
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2020
タイトル: Fungal-derived brevianamide assembly by a stereoselective semipinacolase.
著者: Ye, Y. / Du, L. / Zhang, X. / Newmister, S.A. / McCauley, M. / Alegre-Requena, J.V. / Zhang, W. / Mu, S. / Minami, A. / Fraley, A.E. / Adrover-Castellano, M.L. / Carney, N.A. / Shende, V.V. / ...著者: Ye, Y. / Du, L. / Zhang, X. / Newmister, S.A. / McCauley, M. / Alegre-Requena, J.V. / Zhang, W. / Mu, S. / Minami, A. / Fraley, A.E. / Adrover-Castellano, M.L. / Carney, N.A. / Shende, V.V. / Qi, F. / Oikawa, H. / Kato, H. / Tsukamoto, S. / Paton, R.S. / Williams, R.M. / Sherman, D.H. / Li, S.
履歴
登録2019年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BvnE
B: BvnE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3486
ポリマ－34,9662
非ポリマー3824
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.580, 105.580, 61.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-396-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BvnE


分子量: 17482.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium brevicompactum (菌類) / 株: NRRL 864 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5Q0MV05*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.1 M Tris pH 8.5, 4% v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→45.717 Å / Num. obs: 38383 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 20.71
反射 シェル解像度: 1.77→1.84 Å / 冗長度: 18.2 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3783 / CC1/2: 0.886 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X9J

5x9j


解像度: 1.777→45.717 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 2000 5.21 %
Rwork0.1781 36364 -
obs0.1794 38364 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.56 Å2 / Biso mean: 26.7266 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.777→45.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 0 25 303 2590
Biso mean--39.65 35.02 -
残基数----287
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.777-1.8210.31831400.2779252597
1.821-1.87020.27451440.24292560100
1.8702-1.92530.26781400.21852574100
1.9253-1.98740.25991380.19872584100
1.9874-2.05850.24571440.19522572100
2.0585-2.14090.23481420.19522581100
2.1409-2.23830.20591420.19622570100
2.2383-2.35630.20861370.19032610100
2.3563-2.50390.22711450.18952603100
2.5039-2.69720.21531420.18692594100
2.6972-2.96860.19761440.17312607100
2.9686-3.39810.1741450.16792616100
3.3981-4.28070.17681470.14672636100
4.2807-45.7170.16551500.16062732100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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