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- PDB-6u83: OmpA-like domain of FopA1 from Francisella tularensis subsp. tula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u83
タイトルOmpA-like domain of FopA1 from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
要素Outer membrane associated protein
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / outer membrane associated protein / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein, bacterial / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALANINE / Outer membrane associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3566 Å
データ登録者Michalska, K. / Skarina, T. / Stogios, P.J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: OmpA-like domain of FopA1 from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Michalska, K. / Skarina, T. / Stogios, P.J. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3064
ポリマ－18,7411
非ポリマー5663
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.788, 134.971, 31.206
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane associated protein / FopA1


分子量: 18740.809 Da / 分子数: 1 / 断片: OmpA-like domain (UNP residues 223-393) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: fopA1, FTT_0583 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: Q5NH85
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン / アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, cryoprotectant: paratone, SITTING DROP, TEMPERATURE 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 10225 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 55.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 26.25
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.157 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 528 / CC1/2: 0.899 / % possible all: 99.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIXdev_2947精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5U1H

5u1h


解像度: 2.3566→43.5059 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 510 5.01 %
Rwork0.2075 --
obs0.2091 10170 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.21 Å2 / Biso mean: 82.0066 Å2 / Biso min: 43.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3566→43.5059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1180 0 37 5 1222
Biso mean--73.86 61.41 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0070.061233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89210.9231654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.727179.983752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0470.137180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0050.032212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3566-2.59370.41671160.3284233396
2.5937-2.96890.2941290.2754233798
2.9689-3.74020.25451210.2143244499
3.7402-43.50590.19971440.1777254699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.81112.2325-2.47518.9423-6.53864.8954-0.51270.50590.218-0.97110.5360.4543-0.2974-0.4979-0.03470.95550.0024-0.05940.55740.05730.461-19.319-10.0205-10.1588
25.01942.3266-0.84634.1241-1.46322.2057-0.0775-0.04210.18760.17710.0745-0.0133-0.0498-0.01-0.00460.99770.0544-0.05410.4018-0.02830.3127-19.7967-19.755-1.8824
30.25690.3424-0.7075.35-4.13584.07680.4197-0.5245-0.20040.6508-0.5077-0.22910.0341-0.4037-0.22671.1064-0.06090.02480.7593-0.06940.6695-13.5066-2.2006-14.3458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 260 through 282 )A260 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 283 through 393 )A283 - 393
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 259 )A240 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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