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万見
- PDB-6u79: Solution NMR structure of 5' UTR stem loop B from West Nile Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u79
タイトルSolution NMR structure of 5' UTR stem loop B from West Nile Virus
要素5' UTR region stem loop
キーワードRNA / Virus / Chemical shift / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種West Nile virus (西ナイルウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sharma, S. / Varani, G. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: NMR structure of Dengue West Nile viruses stem-loop B: A key cis-acting element for flavivirus replication.
著者: Sharma, S. / Varani, G.
履歴
登録2019年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年9月9日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_validate_rmsd_angle / struct / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.name / _struct.title
解説: Atomic clashes
詳細: We are replacing our older atomic coordinates with new atomic coordinates without changing our pdb ID 6U79. Our new atomic coordinates are having better 10 superimposed structures with lower ...詳細: We are replacing our older atomic coordinates with new atomic coordinates without changing our pdb ID 6U79. Our new atomic coordinates are having better 10 superimposed structures with lower RMSD and lower atomic clash around 2.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22020年10月7日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 2.32023年1月4日Group: Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_SG_project ...database_2 / pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 2.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5' UTR region stem loop


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8411
ポリマ－11,8411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7180 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5' UTR region stem loop


分子量: 11841.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) West Nile virus (西ナイルウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic11H proton
151isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 1, 0.5 mM 99% 13C; U-99% 15N] 2, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 3, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 4, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 5, 90% H2O/10% D2O
Label: WNV_1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mM299% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mM3[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mM4[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mM5[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: 1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6001
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
SparkyGoddardstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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