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- PDB-6u57: KDO8PS Structure Determined at the EuXFEL using Segmented Flow In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u57
タイトルKDO8PS Structure Determined at the EuXFEL using Segmented Flow Injection
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / Catalytic Activity / Transferase Activity
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Botha, S. / Ros, A.
資金援助 米国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM095583 米国
German Research Foundation (DFG)390715994 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Segmented flow generator for serial crystallography at the European X-ray free electron laser.
著者: Echelmeier, A. / Cruz Villarreal, J. / Messerschmidt, M. / Kim, D. / Coe, J.D. / Thifault, D. / Botha, S. / Egatz-Gomez, A. / Gandhi, S. / Brehm, G. / Conrad, C.E. / Hansen, D.T. / Madsen, C. ...著者: Echelmeier, A. / Cruz Villarreal, J. / Messerschmidt, M. / Kim, D. / Coe, J.D. / Thifault, D. / Botha, S. / Egatz-Gomez, A. / Gandhi, S. / Brehm, G. / Conrad, C.E. / Hansen, D.T. / Madsen, C. / Bajt, S. / Meza-Aguilar, J.D. / Oberthur, D. / Wiedorn, M.O. / Fleckenstein, H. / Mendez, D. / Knoska, J. / Martin-Garcia, J.M. / Hu, H. / Lisova, S. / Allahgholi, A. / Gevorkov, Y. / Ayyer, K. / Aplin, S. / Ginn, H.M. / Graafsma, H. / Morgan, A.J. / Greiffenberg, D. / Klujev, A. / Laurus, T. / Poehlsen, J. / Trunk, U. / Mezza, D. / Schmidt, B. / Kuhn, M. / Fromme, R. / Sztuk-Dambietz, J. / Raab, N. / Hauf, S. / Silenzi, A. / Michelat, T. / Xu, C. / Danilevski, C. / Parenti, A. / Mekinda, L. / Weinhausen, B. / Mills, G. / Vagovic, P. / Kim, Y. / Kirkwood, H. / Bean, R. / Bielecki, J. / Stern, S. / Giewekemeyer, K. / Round, A.R. / Schulz, J. / Dorner, K. / Grant, T.D. / Mariani, V. / Barty, A. / Mancuso, A.P. / Weierstall, U. / Spence, J.C.H. / Chapman, H.N. / Zatsepin, N. / Fromme, P. / Kirian, R.A. / Ros, A.
履歴
登録2019年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8711
ポリマ－30,8711
非ポリマー00
水362
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4834
ポリマ－123,4834
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area14270 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.000, 118.000, 118.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho- ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase / KDO-8-phosphate synthase / KDOPS / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase


分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain B / BL21-DE3) (大腸菌)
株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: kdsA, ECBD_2406 / プラスミド: pET-23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140N8Q6, UniProt: P0A715*PLUS, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
解説: uniform crystals ranging between 8 and 10 micrometers
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.3
詳細: 8.75-12 mg/mL KDO8PS in 20 mM Tris-HCl pH=7.3, 125 mM KCl, 2 mM beta-mercaptoethanol with 16-20% w/v poly(ethylene glycol) methyl ether

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: European XFEL / ビームライン: SPB/SFX / 波長: 1.3316 Å
検出器タイプ: AGIPD / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48 Å / Num. obs: 6888 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 184.2 % / Biso Wilson estimate: 84.6 Å2 / CC1/2: 0.6367 / R split: 0.143 / Net I/σ(I): 4.61
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 147.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 674 / CC1/2: 0.4168 / R split: 1.212 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementFocal spot size: 300 µm2 / Pulse duration: 100 fsec. / Pulse energy: 280 µJ / Pulse photon energy: 9.3 keV / XFEL pulse repetition rate: 320 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: droplet in oil / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: fluorinated oil / 解説: droplet in oil GDVN infection / Flow rate: 8 µL/min / Jet diameter: 7.5 µm

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.8.0データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X8F

1x8f


解像度: 2.8→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 24.441 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 655 9.5 %RANDOM
Rwork0.1864 ---
obs0.1924 6223 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 243.25 Å2 / Biso mean: 89.936 Å2 / Biso min: 44.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 0 2 2090
Biso mean---72.65 -
残基数----273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132139
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.6352888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1621.5794786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1175273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.62524.08298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.23715383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.963158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02406
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.419 48 -
Rwork0.374 439 -
all-487 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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