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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u2y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia in the complex with the hydrolyzed moxalactam and two Ni ions | ||||||
要素 | Putative metallo-beta-lactamase l1 (Beta-lactamase type ii) (Ec 3.5.2.6) (Penicillinase) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / lactam antibiotics / Moxalactam / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of the metallo-beta-lactamase L1 from Stenotrophomonas maltophilia in the complex with the hydrolyzed moxalactam and two Ni ions 著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u2y.cif.gz | 132.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u2y.ent.gz | 95 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u2y_validation.pdf.gz | 363.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u2y_full_validation.pdf.gz | 363.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6u2y_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u2y_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6u0yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29172.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア) 株: K279a / 遺伝子: Smlt2667 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: B2FTM1, beta-lactamase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MX1 / ( | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.65 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 50905 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 18.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 22.76 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 2426 / CC1/2: 0.701 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDBID 6U0Y 解像度: 1.5→46.07 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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