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Yorodumi- PDB-6u2m: Crystal structure of a HaloTag-based calcium indicator, HaloCaMP ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u2m | ||||||
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Title | Crystal structure of a HaloTag-based calcium indicator, HaloCaMP V2, bound to JF635 | ||||||
Components | HaloCaMP V2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HaloTag / calcium / sensor / fluorescent | ||||||
Function / homology | Chem-PUJ Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodococcus sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Deo, C. / Schreiter, E.R. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2021 Title: The HaloTag as a general scaffold for far-red tunable chemigenetic indicators. Authors: Deo, C. / Abdelfattah, A.S. / Bhargava, H.K. / Berro, A.J. / Falco, N. / Farrants, H. / Moeyaert, B. / Chupanova, M. / Lavis, L.D. / Schreiter, E.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6u2m.cif.gz | 393.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6u2m.ent.gz | 320.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6u2m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6u2m_validation.pdf.gz | 913.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6u2m_full_validation.pdf.gz | 935.6 KB | Display | |
Data in XML | 6u2m_validation.xml.gz | 38.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6u2m_validation.cif.gz | 53 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/6u2m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6u32C 5uy1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 55849.035 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus sp. (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.08 Å3/Da / Density % sol: 60.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 30% (v/v) PEG 200, 100 mM MES/ Sodium hydroxide pH 6.0, and 5% (w/v) PEG 3000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.9774 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Mar 22, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→122.58 Å / Num. all: 90798 / Num. obs: 90798 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 421740 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5UY1 Resolution: 2→122.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.2433 / WRfactor Rwork: 0.2005 / FOM work R set: 0.7524 / SU B: 10.639 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.1419 / SU Rfree: 0.1381 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.37 Å2 / Biso mean: 52.533 Å2 / Biso min: 28.94 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→122.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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