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万見
- PDB-6u19: Solution Structure of the RAZUL domain from 26S proteasome subuni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u19
タイトルSolution Structure of the RAZUL domain from 26S proteasome subunit hRpn10/S5a complexed with the AZUL domain from E3 ligase E6AP/UBE3A
要素
  • 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
  • Ubiquitin-protein ligase E3A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / proteasome / subunit / complex / ubiquitination
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome accessory complex / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Proteasome assembly / androgen receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome accessory complex / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / proteasome regulatory particle, base subcomplex / Proteasome assembly / androgen receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / polyubiquitin modification-dependent protein binding / postsynaptic cytosol / protein K48-linked ubiquitination / ovarian follicle development / protein autoubiquitination / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of protein ubiquitination / proteasome complex / response to progesterone / regulation of circadian rhythm / brain development / regulation of synaptic plasticity / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / synaptic vesicle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin protein ligase activity / rhythmic process / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain (AZUL) / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / : / Ubiquitin interaction motif / Proteasome subunit Rpn10 ...Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain (AZUL) / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / : / Ubiquitin interaction motif / Proteasome subunit Rpn10 / Ubiquitin-interacting motif. / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / von Willebrand factor type A domain / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / Ubiquitin-protein ligase E3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chen, X. / Walters, K.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1 ZIA BC011490 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of E3 ligase E6AP with a proteasome-binding site provided by substrate receptor hRpn10.
著者: Buel, G.R. / Chen, X. / Chari, R. / O'Neill, M.J. / Ebelle, D.L. / Jenkins, C. / Sridharan, V. / Tarasov, S.G. / Tarasova, N.I. / Andresson, T. / Walters, K.J.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4
B: Ubiquitin-protein ligase E3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2453
ポリマ－15,1802
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10720 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / 26S proteasome regulatory subunit RPN10 / 26S proteasome regulatory subunit S5A / Antisecretory ...26S proteasome regulatory subunit RPN10 / 26S proteasome regulatory subunit S5A / Antisecretory factor 1 / ASF / Multiubiquitin chain-binding protein


分子量: 7968.583 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 305-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSMD4, MCB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P55036
#2: タンパク質 Ubiquitin-protein ligase E3A / E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6- ...E6AP ubiquitin-protein ligase / HECT-type ubiquitin transferase E3A / Human papillomavirus E6-associated protein / Oncogenic protein-associated protein E6-AP / Renal carcinoma antigen NY-REN-54


分子量: 7211.331 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 24-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE3A, E6AP, EPVE6AP, HPVE6A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05086, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic33D HN(CA)CO
151isotropic33D HNCO
172isotropic22D 1H-13C HSQC
162isotropic23D 13C-half filter NOESY
192isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
182isotropic42D 1H-13C HSQC
1112isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
1102isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1122isotropic12D 1H-13C HSQC
1132isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic42D noesygpphwgxf
1153isotropic42D 1H-15N HSQC
1163isotropic43D 1H-15N NOESY
1173isotropic43D HN(CA)CB
1183isotropic43D CBCA(CO)NH
1193isotropic43D HNCA
1203isotropic43D HN(CO)CA
1213isotropic43D HNCO
1223isotropic43D HN(CA)CO
1234isotropic12D 1H-13C HSQC
1244isotropic13D 13C-half filter NOESY
1254isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1264isotropic12D noesygpphwgxf
1274isotropic42D 1H-13C HSQC
1284isotropic43D (H)CCH-TOCSY
1294isotropic43D CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H] 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 0.75 mM Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 95% H2O/5% D2O(15N, 13C, 35% D) labeled PSMD4 (305-377): unlabeled UBE3A (24-87) =1:1.5PSMD4 : UBE3A =1:1.5 (H2O/D2O)95% H2O/5% D2O
solution20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H] 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 0.75 mM Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 100% D2O(15N, 13C, 35% D) labeled PSMD4 (305-377): unlabeled UBE3A (24-87) =1:1.5PSMD4 : UBE3A =1:1.5 (D2O)100% D2O
solution30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 0.75 mM 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 95% H2O/5% D2O(15N, 13C) labeled UBE3A (24-87): unlabeled PSMD4 (305-377)=1:1.5UBE3A : PSMD4 =1:1.5 (H2O/D2O)95% H2O/5% D2O
solution40.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-protein ligase E3A (24-87), 0.75 mM 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377), 10 mM MOPS, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 10 uM zinc sulphate, 0.1 % sodium azide, 1 mM pefabloc, 100% D2O(15N, 13C) labeled UBE3A (24-87): unlabeled PSMD4 (305-377)=1:1.5UBE3A : PSMD4 =1:1.5 (D2O)100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mM26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377)[U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H]1
0.75 mMUbiquitin-protein ligase E3A (24-87)natural abundance1
10 mMMOPSnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
10 uMzinc sulphatenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
1 mMpefablocnatural abundance1
0.5 mM26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377)[U-100% 13C; U-100% 15N; U-35% 2H]2
0.75 mMUbiquitin-protein ligase E3A (24-87)natural abundance2
10 mMMOPSnatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
10 uMzinc sulphatenatural abundance2
0.1 %sodium azidenatural abundance2
1 mMpefablocnatural abundance2
0.5 mMUbiquitin-protein ligase E3A (24-87)[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.75 mM26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377)natural abundance3
10 mMMOPSnatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
10 uMzinc sulphatenatural abundance3
0.1 %sodium azidenatural abundance3
1 mMpefablocnatural abundance3
0.5 mMUbiquitin-protein ligase E3A (24-87)[U-100% 13C; U-100% 15N]4
0.75 mM26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 (305-377)natural abundance4
10 mMMOPSnatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
5 mMDTTnatural abundance4
10 uMzinc sulphatenatural abundance4
0.1 %sodium azidenatural abundance4
1 mMpefablocnatural abundance4
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: 25 degree / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7004
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thorntonデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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