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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u0s | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the flavin-dependent monooxygenase PieE in complex with FAD and substrate | ||||||
要素 | 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / flavin-dependent monooxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. SCSIO 03032 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, R. / Manenda, M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural analyses of the Group A flavin-dependent monooxygenase PieE reveal a sliding FAD cofactor conformation bridging OUT and IN conformations. 著者: Manenda, M.S. / Picard, M.E. / Zhang, L. / Cyr, N. / Zhu, X. / Barma, J. / Pascal, J.M. / Couture, M. / Zhang, C. / Shi, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u0s.cif.gz | 692 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u0s.ent.gz | 566.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u0s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u0s_validation.pdf.gz | 919.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u0s_full_validation.pdf.gz | 958.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6u0s_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u0s_validation.cif.gz | 46.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/6u0s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6u0pSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 64754.434 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. SCSIO 03032 (バクテリア) 遺伝子: CAG99_26330 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W0C4C9 |
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-非ポリマー , 7種, 739分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-PKS / #5: 化合物 | ChemComp-PGE / #6: 化合物 | ChemComp-1PE / #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % / Mosaicity: 0.36 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 400, 0.2M MgCl2, and 0.1 HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.52→49.12 Å / Num. obs: 138900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 967629 / Scaling rejects: 466 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6U0P 解像度: 2.52→49.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2321 / WRfactor Rwork: 0.1801 / FOM work R set: 0.8136 / SU B: 10.569 / SU ML: 0.226 / SU R Cruickshank DPI: 0.5617 / SU Rfree: 0.2824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 155.22 Å2 / Biso mean: 55.781 Å2 / Biso min: 18.02 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.52→49.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.52→2.585 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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