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- PDB-6u0s: Crystal structure of the flavin-dependent monooxygenase PieE in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u0s
タイトルCrystal structure of the flavin-dependent monooxygenase PieE in complex with FAD and substrate
要素2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
キーワードFLAVOPROTEIN / flavin-dependent monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Glutaredoxin ...Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-PKS / 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. SCSIO 03032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Shi, R. / Manenda, M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)436202 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural analyses of the Group A flavin-dependent monooxygenase PieE reveal a sliding FAD cofactor conformation bridging OUT and IN conformations.
著者: Manenda, M.S. / Picard, M.E. / Zhang, L. / Cyr, N. / Zhu, X. / Barma, J. / Pascal, J.M. / Couture, M. / Zhang, C. / Shi, R.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
B: 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
C: 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
D: 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
E: 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
F: 2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)398,52645
ポリマ－388,5276
非ポリマー9,99939
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.339, 187.129, 239.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
2,4-dichlorophenol 6-monooxygenase / PieE


分子量: 64754.434 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. SCSIO 03032 (バクテリア)
遺伝子: CAG99_26330 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W0C4C9

-
非ポリマー , 7種, 739分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PKS / 2-[(2E,5E,7E,9R,10R,11E)-10-hydroxy-3,7,9,11-tetramethyltrideca-2,5,7,11-tetraen-1-yl]-6-methoxy-3-methylpyridin-4-ol


分子量: 385.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % / Mosaicity: 0.36 °
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 400, 0.2M MgCl2, and 0.1 HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→49.12 Å / Num. obs: 138900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 967629 / Scaling rejects: 466
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.52-2.566.81.3374644867870.4890.5511.4472100
13.8-49.126.10.05558139590.9960.0240.06123.397.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALA0.5.23データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6U0P

6u0p


解像度: 2.52→49.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.2321 / WRfactor Rwork: 0.1801 / FOM work R set: 0.8136 / SU B: 10.569 / SU ML: 0.226 / SU R Cruickshank DPI: 0.5617 / SU Rfree: 0.2824 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.562 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2395 6860 4.9 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1893 131942 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.22 Å2 / Biso mean: 55.781 Å2 / Biso min: 18.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å2-0 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.52→49.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26549 0 669 700 27918
Biso mean--69.01 41.8 -
残基数----3476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01227904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.6738079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96453470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.38319.851602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.077153956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.91315312
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.23477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222270
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.585 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 460 -
Rwork0.297 9660 -
all-10120 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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