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- PDB-6u0j: Crosslinked Crystal Structure of Malonyl-CoA Acyl Carrier Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u0j
タイトルCrosslinked Crystal Structure of Malonyl-CoA Acyl Carrier Protein Transacylase, FabD, and Acyl Carrier Protein, AcpP
要素
  • Acyl carrier protein
  • Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
キーワードTRANSFERASE / MAT / AT / acyl transferase / alpha-beta hydrolase fold / AcpP / ACP / CP
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding ...[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / fatty acid biosynthetic process / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site ...Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EF / Acyl carrier protein / Acyl carrier protein / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mindrebo, J.T. / Misson, L. / Davis, T.D. / Burkart, M.D. / Noel, J.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Interfacial plasticity facilitates high reaction rate of E. coli FAS malonyl-CoA:ACP transacylase, FabD.
著者: Misson, L.E. / Mindrebo, J.T. / Davis, T.D. / Patel, A. / McCammon, J.A. / Noel, J.P. / Burkart, M.D.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase
B: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,21711
ポリマ－42,3032
非ポリマー9149
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.150, 56.846, 99.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase / MCT


分子量: 32741.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fabD, tfpA, b1092, JW1078 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AAI9, [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
#2: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 9561.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12 / DH10B) (大腸菌)
株: K12 / DH10B / 遺伝子: acpP, ECDH10B_1166 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B1XA04, UniProt: P0A6A8*PLUS

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非ポリマー , 4種, 359分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-9EF / N-[2-(acetylamino)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 383.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / Mosaicity: 0.46 °
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1 % PEG 400, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, and 2.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.73 Å / Num. obs: 32206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 15.76 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.305 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.329 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 231636 / Scaling rejects: 136
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.779 / Num. unique obs: 2091 / CC1/2: 0.468 / Rpim(I) all: 0.732 / Rrim(I) all: 1.927 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.727 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 1665 5.17 %
Rwork0.1846 30527 -
obs0.1865 32192 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.54 Å2 / Biso mean: 22.2438 Å2 / Biso min: 2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→44.727 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 57 350 3243
Biso mean--26.2 30.13 -
残基数----382
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.95590.36471320.33732554100
1.9559-2.01910.28811420.25052548100
2.0191-2.09120.24481320.22972509100
2.0912-2.17490.25671510.20542495100
2.1749-2.27390.23721320.19532539100
2.2739-2.39380.22241500.18832517100
2.3938-2.54380.24511360.18392534100
2.5438-2.74020.27761300.18132572100
2.7402-3.01580.19661300.1812538100
3.0158-3.45210.21011390.16372543100
3.4521-4.34870.1951470.1442254699
4.3487-44.7270.15841440.15942632100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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