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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6u03 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Fungal RNA Kinase | ||||||
![]() | tRNA ligase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / RNA ligase / RNA repair / polynucleotide kinase | ||||||
Function / homology | ![]() GTP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / phosphoric diester hydrolase activity / endonuclease activity / phosphorylation / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shuman, S. / Goldgur, Y. / Banerjee, A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Atomic structures of the RNA end-healing 5'-OH kinase and 2',3'-cyclic phosphodiesterase domains of fungal tRNA ligase: conformational switches in the kinase upon binding of the GTP phosphate donor. Authors: Banerjee, A. / Goldgur, Y. / Schwer, B. / Shuman, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 112.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 83 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6tzmC ![]() 6tzoC ![]() 6tzxC ![]() 6u00C ![]() 6u05C ![]() 5u32S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27177.484 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: SC5314 / ATCC MYA-2876 Gene: LIG1, RLG1, TRL1, CAALFM_C702060WA, CaJ7.0238, CaO19.13864, CaO19.6511 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P43075, RNA ligase (ATP) |
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#2: Chemical | ChemComp-GTP / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.15M NaH2PO4, 20%PEG3350 / Temp details: ambient |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.849→50 Å / Num. obs: 20105 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.085 / Χ2: 1.667 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5U32 Resolution: 1.849→46.02 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.14
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.08 Å2 / Biso mean: 34.1717 Å2 / Biso min: 14.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.849→46.02 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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