[日本語] English
万見
- PDB-6tzw: Coiled-coil registry shifts in the F684I mutant of Bicaudal D res... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzw
タイトルCoiled-coil registry shifts in the F684I mutant of Bicaudal D result in cargo-independent activation of dynein motility
要素Protein bicaudal D
キーワードMOTOR PROTEIN / Dynein / adaptor / Bicaudal / BicD / coiled coil / registry shift / coiled-coil / microtubules / dynein adaptor / cargo recognition / cytoskeletal motor / auto-inhibition / Golgi / nucleus / nuclear positioning / transport / intracellular tranpsort / Nup358
機能・相同性
機能・相同性情報


oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / cellular macromolecule localization / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / cargo adaptor activity / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / germarium-derived oocyte fate determination / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / protein transport along microtubule / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis ...oocyte nucleus migration involved in oocyte dorsal/ventral axis specification / cellular macromolecule localization / microtubule anchoring at microtubule organizing center / germarium-derived egg chamber formation / cargo adaptor activity / oocyte microtubule cytoskeleton polarization / germarium-derived oocyte fate determination / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / protein transport along microtubule / positive regulation of clathrin-dependent endocytosis / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / chaeta development / protein localization to organelle / oocyte axis specification / RNA transport / clathrin heavy chain binding / intracellular mRNA localization / cytoskeletal anchor activity / oogenesis / dynein complex binding / dynactin binding / regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / mRNA transport / regulation of microtubule cytoskeleton organization / small GTPase binding / presynapse / cytoskeleton / Golgi apparatus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bicaudal-D protein / Microtubule-associated protein Bicaudal-D
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein bicaudal D
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Cui, H. / Solmaz, S.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM128119-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10 RR029205 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2020
タイトル: Coiled-coil registry shifts in the F684I mutant of Bicaudal D result in cargo-independent activation of dynein motility.
著者: Cui, H. / Ali, M.Y. / Goyal, P. / Zhang, K. / Loh, J.Y. / Trybus, K.M. / Solmaz, S.R.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein bicaudal D
B: Protein bicaudal D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0153
ポリマ－21,9752
非ポリマー401
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, The molar mass in solution was determined by size exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering and suggests that the protein dimerizes.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.045, 60.045, 142.637
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-801-

CA

-
要素

#1: タンパク質 Protein bicaudal D


分子量: 10987.513 Da / 分子数: 2 / 変異: F684I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: BicD, CG6605 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -RIL / 参照: UniProt: P16568
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 4% PEG 3350, 0.4 M NaSCN, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→19.65 Å / Num. obs: 12955 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 72.37 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0443 / Rpim(I) all: 0.01498 / Rrim(I) all: 0.04684 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.35→2.434 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.621 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 1263 / CC1/2: 0.573 / Rpim(I) all: 0.549 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSImplemented in RAPD, a software suite developed by APSデータ削減
AimlessImplemented in RAPD, a software suite developed by APSデータスケーリング
PHENIX1.16-3549位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BL6

4bl6


解像度: 2.35→19.45 Å / SU ML: 0.2999 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0405
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 640 4.94 %Random
Rwork0.2508 ---
obs0.2514 12949 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 96.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1077 0 1 1 1079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031079
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45371444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0263173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0017188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8733700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.530.32241030.33682418X-RAY DIFFRACTION99.33
2.53-2.790.33781320.32242422X-RAY DIFFRACTION99.96
2.79-3.190.35411330.3222427X-RAY DIFFRACTION99.81
3.19-4.010.31351270.26282468X-RAY DIFFRACTION99.39
4.01-19.450.21831450.21672574X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0005462076256950.0421733429789-0.0948369694830.065730054665-0.1247839038960.1156785484880.7087377870060.140512358067-0.7442867882521.03197261509-0.748315885855-0.0405428580656-0.2374134969830.82392466607-0.000780140793261.0532271580.2424779330510.01130365294890.9419205014640.02614335352691.4356006088171.772732138-14.3299757178-20.5524312545
20.0671145402088-0.0524229600607-0.1136392617360.0780308711933-0.08584676946280.06425479542931.119866536261.23625470627-0.00867744964564-0.678887314621-0.336856285265-0.409857303806-1.551125612670.03798972918390.001817831247631.06347737850.05936746251880.2365988192771.09425516188-0.02961981715421.220438763747.92218307-1.879928524020.0957272581366
30.473997348822-0.1103582571180.06311217419440.112098907606-0.701335604833-0.03165067314170.917498559696-0.1709619387740.8227385360050.497546921985-0.543901144548-0.444733448846-0.579690877916-0.203379952352-0.003741039357450.762043229776-0.016650616260.1384990014731.28891800489-0.07156286271450.90642302084434.2982833481-0.10991213479212.2768044356
40.125685605586-0.008580079390260.04532431051450.04993541470290.1475965709710.102325728754-0.000866238138872-0.365768495709-1.83916153933-0.1475211251390.3118914801820.1313264510130.3313399477120.5001273025240.0001447598387190.5566410208240.05047567304760.00314259852260.996372504942-0.03089862676861.0247593999321.4114059974-1.5798638878323.1614816919
50.4320852836840.1985397929470.534187561593-0.0349377213217-0.03841752897910.359443229284-0.154924548749-0.2187682923280.4868081314340.508246979835-0.05113668547560.09850256658910.7662138389160.1789007477853.67009780428E-50.689662033764-0.05127458161320.06869734227660.6891949506450.01267662096090.5829938503385.66570737228-0.022776864105130.9191224423
60.170021431862-0.105138299165-0.1649947171320.108350140041-0.09772223329370.1279811802620.253355084584-0.0316918362128-0.7269057112870.133841081715-0.936474038124-0.1969303042090.4618976220830.322959121994-0.0003979758384621.01655579202-0.2190984205360.2651769997510.923942165107-0.07128038940381.07459066068-9.86640249951.3050491926336.9809772136
70.0729059998392-0.2809052840090.07208932998860.0886796890438-0.2504063322590.150305346838-0.0424936765983-0.28575565854-0.351375408947-0.182297781038-0.268260946339-0.2238000952640.387526609047-0.320719024664-0.001129678869090.8163567673720.09871435112420.1040805778440.5837991334-0.06068028568940.62337824133159.5405006293-13.4416389919-10.9738604891
80.16570898007-1.11955333265-0.03398886987641.08060738067-1.155308961810.6278285084240.3328987039260.905739368736-0.930479460026-0.000234945731097-0.685464474270.3072427086150.214190919763-0.66017738205-9.66314262812E-60.691318825159-0.04345474859650.04502681625451.18300417407-0.2135075539590.86171505794235.2968328103-8.313714267084.09592045431
90.09275463306140.116834961878-0.02687101278570.136057204432-0.144472260347-0.0121058220301-0.1142069752570.787968178674-0.1847661616880.4175307805130.317463072150.01554870363170.622107184898-0.450144358026-0.0006770234209820.67905143528-0.116112907166-0.06197421810241.34522067363-0.05483962368910.67856208667216.3757539953-0.31699082029413.9778234596
100.6051127324510.2726491641820.1871911516110.686947960250.0744710593325-0.2477050625210.1243697432530.442964189010.1082280293620.0863292354861-0.228117360439-0.0618158599731-0.754718609122-0.179534236485.25578431033E-50.625936256706-0.07859594480450.0967105215720.6162027002750.04435005166310.649525965863.329018867296.362336487424.7576636523
110.003326074479860.00586784456653-0.0933758347296-0.00170607301143-0.09043915306560.107808372521-0.990512419348-0.7425147565370.85582929285-0.920525347073-0.1588496302590.8841872299390.104768919558-0.8030726087970.001467073430071.49096512350.08332174279560.1653649220911.23290538127-0.3886611860211.55604757385-8.7439074397212.21821254434.2061684365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 667 through 671)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 685 through 695 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 696 through 709 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 710 through 717 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 718 through 733 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 734 through 739 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 672 through 687)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 688 through 709)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 710 through 717)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 718 through 734)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 735 through 739)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る