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万見
- PDB-6tzk: Bacterial cellulose synthase outermembrane channel BcsC with term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzk
タイトルBacterial cellulose synthase outermembrane channel BcsC with terminal TPR repeat
要素Cellulose synthase operon protein C
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Porin / polysaccharide secretion / cellulose synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose biosynthetic process / outer membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase operon C, C-terminal / Cellulose synthase operon protein C C-terminus (BCSC_C) / : / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / HEXANE-1,6-DIOL / Cellulose synthase operon protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.852 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Derewenda, Z. / Zimmer, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM101001 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1F32GM126647-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Architecture of the Cellulose Synthase Outer Membrane Channel and Its Association with the Periplasmic TPR Domain.
著者: Acheson, J.F. / Derewenda, Z.S. / Zimmer, J.
履歴
登録2019年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年2月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose synthase operon protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5117
ポリマ－50,3891
非ポリマー2,1226
水7,548419
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.713, 73.721, 85.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1332-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cellulose synthase operon protein C


分子量: 50389.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: bcsC, yhjL, b3530, JW5942 / プラスミド: pet20b_10Xhis_TEV_BcsC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P37650
#2: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 424分子

#3: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: Thin rectangular plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris 8.5, 200 mM CaCl2 and 30 - 40% PEG 400, 3% 1,6-hexanediol
PH範囲: 7.5 - 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 47945 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 329823
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.885.60.51123870.8990.2320.5630.89799.8
1.88-1.926.30.47723350.9270.2040.5190.899100
1.92-1.956.60.41323640.9430.1720.4490.92399.7
1.95-1.996.90.33523690.9670.1370.3630.946100
1.99-2.047.20.28923730.9720.1150.3110.91599.8
2.04-2.087.20.25923620.9780.1030.2790.91299.9
2.08-2.147.10.23823720.9790.0950.2570.926100
2.14-2.1970.19923760.9840.080.2150.90199.8
2.19-2.266.80.18223650.9810.0750.1970.93899.9
2.26-2.336.10.15223660.9820.0660.1660.88499.7
2.33-2.416.90.14623710.9840.0590.1580.89399.8
2.41-2.517.50.1324100.9830.0510.1390.90299.8
2.51-2.627.50.11723760.9880.0460.1260.888100
2.62-2.767.30.10423940.9890.0410.1110.92599.9
2.76-2.947.10.09824220.990.0390.1050.96100
2.94-3.166.90.0924050.9890.0370.0980.9599.9
3.16-3.486.10.08324060.9880.0360.0910.93899.3
3.48-3.987.60.08424410.9920.0320.091.018100
3.98-5.017.30.08224650.9920.0320.0881.02100
5.01-306.60.08825860.9870.0360.0951.07399.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.852→28.312 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1831 2004 4.2 %
Rwork0.1641 --
obs0.1649 47684 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.75 Å2 / Biso mean: 27.7986 Å2 / Biso min: 6.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.852→28.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3554 0 143 419 4116
Biso mean--50.68 37.62 -
残基数----451
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.852-1.89830.29071380.2316309195
1.8983-1.94970.20991400.1931320599
1.9497-2.0070.2041420.16233204100
2.007-2.07180.17391370.15863229100
2.0718-2.14580.20531430.16123269100
2.1458-2.23170.21391410.15813234100
2.2317-2.33320.20561450.15683229100
2.3332-2.45620.18491450.15813291100
2.4562-2.60990.18261440.15693253100
2.6099-2.81130.19041440.15523265100
2.8113-3.09390.18841420.16133294100
3.0939-3.54080.15661480.1536329699
3.5408-4.45830.13571430.14923351100
4.4583-28.3120.19581520.19346999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.37270.3029-2.08341.02661.63457.13540.2263-0.43890.14270.39740.16810.0989-0.55420.3355-0.32210.2953-0.01170.04120.29160.00110.157126.724419.407676.1024
23.7830.1935-0.47984.43250.5563.23060.0226-0.57380.13820.44720.10170.54560.2556-0.63250.03360.18280.00650.04180.26890.03890.208920.426712.084369.785
31.2483-0.17210.9640.5603-0.45521.37070.07770.1910.0219-0.1037-0.0447-0.05370.1420.0808-0.03440.12060.01250.04090.10150.00910.136121.81515.437432.3286
41.4165-0.08420.86611.7541.21293.29440.06510.20.2214-0.0385-0.1304-0.1276-0.0895-0.11880.01690.09840.01180.01550.08260.04810.149116.196822.787429.2652
53.26340.7282-3.79982.5636-4.31899.4529-0.2906-0.9377-0.2021.21370.24840.35860.7796-0.4312-0.00490.5925-0.15340.21381.2856-0.1126-0.11880.336624.240256.4207
61.592-0.19480.04950.9767-0.71260.89260.0234-0.27940.07650.16130.07080.0348-0.1536-0.1099-0.07790.1232-0.014-0.00630.13840.01420.11323.68117.711440.2795
71.3791-0.08140.26980.57590.1816-0.08120.05560.2290.0492-0.16330.02470.06320.0205-0.0983-0.040.13490.009-0.00290.14810.00950.11435.02215.986724.0329
81.168-0.33281.57361.0588-0.70153.48110.0639-0.0561-0.0961-0.08360.08920.0230.145-0.2347-0.15530.10560.0001-0.00210.07890.01690.156118.96456.455847.7434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 707:750)A707 - 750
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 751:783)A751 - 783
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 784:905)A784 - 905
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 906:950)A906 - 950
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 951:955)A951 - 955
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 956:1043)A956 - 1043
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 1044:1098)A1044 - 1098
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 1099:1157)A1099 - 1157

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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