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- PDB-6tyo: Salmonella Typhi PltB Homopentamer with Neu-5NAc-4OAc-alpha-2-3-G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tyo
タイトルSalmonella Typhi PltB Homopentamer with Neu-5NAc-4OAc-alpha-2-3-Gal-beta-1-4-GlcNAc Glycans
要素Pertussis-like toxin subunit
キーワードTOXIN (毒素) / PltB
機能・相同性Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / エンテロトキシン / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / extracellular region / Mainly Beta / Pertussis-like toxin subunit
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Nguyen, T. / Milano, S.K. / Yang, Y.A. / Song, J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI137345 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI139625 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI141514 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R03 AI135767 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: The role of 9-O-acetylated glycan receptor moieties in the typhoid toxin binding and intoxication.
著者: Nguyen, T. / Lee, S. / Yang, Y.A. / Ahn, C. / Sim, J.H. / Kei, T.G. / Barnard, K.N. / Yu, H. / Millano, S.K. / Chen, X. / Parrish, C.R. / Song, J.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pertussis-like toxin subunit
B: Pertussis-like toxin subunit
C: Pertussis-like toxin subunit
D: Pertussis-like toxin subunit
E: Pertussis-like toxin subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,39810
ポリマ－62,8155
非ポリマー3,5835
水7,170398
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.580, 98.208, 104.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質
Pertussis-like toxin subunit / Subtilase cytotoxin subunit B / PltB


分子量: 12563.042 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: STY1891, t1107, ABP05_22510, AXU46_23480, E2E79_23180, E2E83_22990, E2F00_23020, E2F08_23180, E2F09_23155, E2F13_22745, PltB
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Z6A3
#2: 多糖
4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid-(2-3)-beta-D- ...4-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 716.641 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_4*OCC/3=O_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup4Ac5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26% PEG 1500 0.1M Sodium Acetate pH 4.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.87 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→40 Å / Num. obs: 45598 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 37.4
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Rmerge(I) obs: 0.148 / Num. unique obs: 3219

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RHR

4rhr


解像度: 2.04→40 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 --
Rwork0.1607 --
obs-45598 99.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4425 0 245 398 5068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00784800
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07626575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.13882665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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