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- PDB-6txr: Structural insights into cubane-modified aptamer recognition of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6txr
タイトルStructural insights into cubane-modified aptamer recognition of a malaria biomarker
要素L-lactate dehydrogenase
キーワードDNA / Aptamer / Cubamer / PvLDH
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Chem-O0Q / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cheung, Y. / Roethlisberger, P. / Mechaly, A. / Weber, P. / Wong, A. / Lo, Y. / Haouz, A. / Savage, P. / Hollenstein, M. / Tanner, J.
資金援助 フランス, 香港, 2件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
Shirley Boyde Foundation 香港
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Evolution of abiotic cubane chemistries in a nucleic acid aptamer allows selective recognition of a malaria biomarker.
著者: Cheung, Y.W. / Rothlisberger, P. / Mechaly, A.E. / Weber, P. / Levi-Acobas, F. / Lo, Y. / Wong, A.W.C. / Kinghorn, A.B. / Haouz, A. / Savage, G.P. / Hollenstein, M. / Tanner, J.A.
履歴
登録2020年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
B: L-lactate dehydrogenase
C: L-lactate dehydrogenase
D: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,14680
ポリマ－137,0444
非ポリマー24,10276
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18850 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area50170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.720, 80.720, 504.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 3 through 53 or resid 55...A3 - 53
121(chain 'A' and (resid 3 through 53 or resid 55...A55 - 57
131(chain 'A' and (resid 3 through 53 or resid 55...A59 - 84
141(chain 'A' and (resid 3 through 53 or resid 55...A95 - 167
151(chain 'A' and (resid 3 through 53 or resid 55...A169 - 316
261(chain 'B' and (resid 3 through 53 or resid 55...B3 - 53
271(chain 'B' and (resid 3 through 53 or resid 55...B55 - 57
281(chain 'B' and (resid 3 through 53 or resid 55...B59 - 84
291(chain 'B' and (resid 3 through 53 or resid 55...B95 - 167
2101(chain 'B' and (resid 3 through 53 or resid 55...B169 - 316
3111(chain 'C' and (resid 3 through 53 or resid 55...C3 - 53
3121(chain 'C' and (resid 3 through 53 or resid 55...C55 - 57
3131(chain 'C' and (resid 3 through 53 or resid 55...C59 - 84
3141(chain 'C' and (resid 3 through 53 or resid 55...C95 - 167
3151(chain 'C' and (resid 3 through 53 or resid 55...C169 - 316
4161(chain 'D' and (resid 3 through 53 or resid 55...D3 - 53
4171(chain 'D' and (resid 3 through 53 or resid 55...D55 - 57
4181(chain 'D' and (resid 3 through 53 or resid 55...D59 - 84
4191(chain 'D' and (resid 3 through 53 or resid 55...D95 - 167
4201(chain 'D' and (resid 3 through 53 or resid 55...D169 - 316
1212chain 'F'F1 - 34
2222chain 'J'J1 - 34

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
L-lactate dehydrogenase / Lactate dehydrogenase / Parasite lactate dehydrogenase


分子量: 34260.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: LDH, ldh, PVC01_120033300, PVP01_1229700, PVT01_120033900
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4PRK9, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 180分子

#2: 化合物
ChemComp-O0Q / ~{N}-[2-(1,2,3-triazol-1-yl)ethyl]cubane-1-carboxamide


分子量: 242.276 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-DG / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dGMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 347.221 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: dGMP*YM
#4: 化合物
ChemComp-DU / 2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dUMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 308.182 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#5: 化合物
ChemComp-DA / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 331.222 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P / コメント: dAMP*YM
#6: 化合物
ChemComp-DC / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 307.197 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P / コメント: dCMP*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 45% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0,2 M Ammonium acetate and 0,1 M Hepes pH 7,5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.496→40.23 Å / Num. obs: 59822 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 61.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1715 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 13.25
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 9400 / CC1/2: 0.73 / Rrim(I) all: 2.036 / Rsym value: 1.986 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZH2

3zh2


解像度: 2.5→40.23 Å / SU ML: 0.3852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.2002
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 2985 5 %Random selection
Rwork0.2029 ---
obs0.2049 59696 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9248 0 1498 104 10850
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010411100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.463215374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.54494712
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.540.46891350.41652578X-RAY DIFFRACTION96.21
2.54-2.580.33181390.33112629X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.630.37361390.30452649X-RAY DIFFRACTION99.96
2.63-2.680.34671390.29342645X-RAY DIFFRACTION99.93
2.68-2.730.3541410.29182657X-RAY DIFFRACTION99.79
2.73-2.790.33371400.26932659X-RAY DIFFRACTION99.89
2.79-2.860.29561400.26692659X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-2.930.34061390.28572644X-RAY DIFFRACTION99.93
2.93-3.010.31231420.29262704X-RAY DIFFRACTION99.93
3.01-3.10.33181400.25422652X-RAY DIFFRACTION99.79
3.1-3.20.28771400.2432647X-RAY DIFFRACTION99.86
3.2-3.310.32251400.23252662X-RAY DIFFRACTION99.86
3.31-3.440.24831420.21582696X-RAY DIFFRACTION99.89
3.44-3.60.25891420.20292706X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.790.21051420.18352697X-RAY DIFFRACTION99.72
3.79-4.030.23351430.17542726X-RAY DIFFRACTION99.97
4.03-4.340.20151430.15862719X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.770.18971460.15022774X-RAY DIFFRACTION99.93
4.77-5.460.1931470.16752775X-RAY DIFFRACTION100
5.46-6.870.25511480.19712823X-RAY DIFFRACTION99.97
6.88-40.230.17341580.16553010X-RAY DIFFRACTION98.81
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.102997940093 Å / Origin y: 36.9991453643 Å / Origin z: -33.2394426756 Å
111213212223313233
T0.57178719469 Å2-0.00686120213455 Å2-0.0191101468289 Å2-0.270112016876 Å2-0.0370599451523 Å2--0.390451156165 Å2
L0.437283962821 °2-0.0188575946701 °2-0.0809834227602 °2-0.733127804924 °20.00367073245515 °2--0.442163393491 °2
S-0.0175495204725 Å °0.0338333819888 Å °0.024548501859 Å °-0.31689680614 Å °-0.00951330675124 Å °-0.000562164779478 Å °0.00693332005086 Å °-0.0128651256153 Å °0.0211131262688 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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