PDB-6tvh: Selenomethionine-substituted HPF1 from Nematostella vectensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tvh

タイトル

Selenomethionine-substituted HPF1 from Nematostella vectensis

要素

Predicted protein

キーワード

PROTEIN BINDING / HPF1 / PARP1 / PARP2 / ADP-ribosylation / serine ADP-ribosylation / adaptor

機能・相同性

Histone PARylation factor 1 / Histone PARylation factor 1 / regulation of protein ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose binding / chromosome / histone binding / DNA damage response / nucleus / Histone PARylation factor 1

機能・相同性情報

生物種

Nematostella vectensis (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.651 Å

データ登録者

Ariza, A.

資金援助

英国, 4件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: HPF1 completes the PARP active site for DNA damage-induced ADP-ribosylation.
著者: Suskiewicz, M.J. / Zobel, F. / Ogden, T.E.H. / Fontana, P. / Ariza, A. / Yang, J.C. / Zhu, K. / Bracken, L. / Hawthorne, W.J. / Ahel, D. / Neuhaus, D. / Ahel, I.

履歴

登録	2020年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tvh.cif.gz	286 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tvh.ent.gz	216.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tvh_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tvh_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	6tvh_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	6tvh_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6tx1C 6tx2C 6tx3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m3g-d 1ksh-d 6tx1-1 6tx2-d 6tx1-2 3qti-1 6hyi-d 4edm-d 1dml-3 6hom-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Predicted protein

B: Predicted protein

77.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Predicted protein

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.948, 88.948, 224.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

#1: タンパク質	Predicted protein 分子量: 38830.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nematostella vectensis (イソギンチャク) 遺伝子: v1g201271 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A7RS11
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2 M immidazole malate pH 5.5, 15% (v/v) PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→72.85 Å / Num. obs: 37243 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 62.83 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.2817 / R_pim(I) all: 0.1452 / R_rim(I) all: 0.3172 / Net I/σ(I): 12.91
反射シェル	解像度: 2.651→2.746 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.9096 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 3001 / CC_1/2: 0.469 / R_pim(I) all: 0.4984 / R_rim(I) all: 1.043 / % possible all: 77.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PHENIX	dev_3126	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.651→72.85 Å / SU ML: 0.4816 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.1826

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2935	1729	4.64 %
R_work	0.2227	-	-
obs	0.2258	37224	96.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.651→72.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4791	0	0	15	4806

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	4918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0515	6633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0478	736
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.0906	1880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.651-2.73	0.3986	123	0.3369	2330	X-RAY DIFFRACTION	76.61
2.73-2.82	0.3516	126	0.3217	2831	X-RAY DIFFRACTION	92.06
2.82-2.92	0.3468	231	0.3038	2866	X-RAY DIFFRACTION	97.45
2.92-3.03	0.4098	157	0.2936	3052	X-RAY DIFFRACTION	99.17
3.03-3.17	0.3555	156	0.28	3023	X-RAY DIFFRACTION	99.66
3.17-3.34	0.3545	238	0.2564	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.34-3.55	0.3957	93	0.2281	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.55-3.82	0.2465	87	0.225	3115	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.82-4.21	0.2904	138	0.2072	3091	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.21-4.82	0.2448	126	0.1825	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.78
4.82-6.07	0.2375	110	0.2045	3086	X-RAY DIFFRACTION	99.88
6.07-72.85	0.2355	144	0.1948	3053	X-RAY DIFFRACTION	99.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6784085395	2.50281400837	-0.0596209572539	6.63475665572	-0.099383292785	5.18478445826	-0.101523371617	0.712324631521	1.16200983089	0.20106765568	0.0735417167328	1.40599565642	-0.279737317659	-1.20862422709	-0.00545737804456	0.469280389001	0.109936590215	-0.0024389518426	1.09527980694	0.027448186033	0.759650953118	3.9219407266	29.0054237302	-62.6631447655
2	7.09156850344	3.54491788064	-2.15187748505	6.52422836829	-0.903291218162	6.42104847698	0.240174197962	0.00226197682565	0.514718473261	0.344423143672	0.0979814021318	0.406378092262	-0.181299772924	-0.665812657523	-0.343931443923	0.367350591815	0.0536661816893	0.035293539357	0.500849784887	-0.00669443034611	0.407733793916	17.7586167157	29.5723135843	-57.6509820496
3	1.99954894611	-0.249971732008	-0.223304856345	5.9845304216	-2.37071394358	7.11414490008	-1.04396852331	-1.25355998404	-0.679677579575	0.827527283692	0.199853890653	0.0313066684938	1.10617290252	-1.3757351372	0.810550349139	0.850545218574	-0.0656282196593	0.213892268016	0.845625350284	0.0574292865153	0.653101778495	14.7286572659	12.2500740499	-56.4152020123
4	7.8646916846	2.17360750959	-1.14554580379	9.54241908195	-1.5707214884	0.3465392263	0.0414308077338	-0.200070869373	-0.237833043395	0.869269535479	0.398683408277	1.57000006212	0.103481151512	0.0852580235325	-0.336685655614	0.624708136318	-0.0370131741147	0.122903761863	0.871460336775	-0.0443274951729	1.02847340508	7.55261407109	8.69055600486	-62.1342760202
5	5.21227151895	2.18804053491	-0.830023906325	3.611810364	-0.207447229627	1.46267736682	0.167687275149	-0.43602734275	0.0721316474845	0.318716889142	-0.352070371049	-0.0749713710222	0.0474912206362	-0.0335661472014	0.182666921187	0.458017630636	0.0206971219897	0.0552826999619	0.513480970781	-0.0543581861803	0.33101156469	35.1474181363	37.3584643677	-57.6638256304
6	5.51009266518	0.783600435949	-0.732777544189	1.02647970546	0.905504276182	2.06490724196	0.482369582043	-0.514976358141	0.930695283049	0.51769042206	-0.239056426811	0.83032691051	-0.941940279011	-0.125484266223	-0.439870322956	0.74363904166	0.092510389327	0.274816094511	0.504815160003	-0.138027469567	0.948303115481	21.4174974796	44.1871184979	-55.0531004051
7	4.41924011471	0.653643532484	-0.568291163372	6.16529621951	2.00543073329	7.98227145459	-0.46712859119	-0.0968219267581	-0.534180382482	0.971549910007	0.471852186395	-0.671173658307	0.845005598048	0.672405825236	-0.0696085946972	0.650122582837	0.153545437193	0.0294226426609	0.442660122306	0.00450198651242	0.853039601815	17.8592395155	14.5138289104	-20.4320352231
8	1.8372390667	1.58359125038	0.117189624324	5.41768469905	1.48210690505	1.52219683069	-0.15752710019	0.17820255587	-0.195267789907	-0.320395166559	0.197392738946	-0.487542639923	-0.083014371735	0.118033765921	-0.0269589999355	0.355491674697	0.0197464900683	0.0384957938369	0.384596979149	0.0108497984201	0.321144544525	14.8331457433	35.6922483798	-24.9059214205
9	5.90256817478	-0.312562656534	-1.57432343006	6.53057886767	2.26104777005	6.86068261922	0.0464596193426	-0.199191198415	-0.415495376404	0.582923249956	0.37959986513	-1.37392820109	0.813772586649	0.566230254478	-0.405875209017	0.435039040764	0.0819364463748	-0.138501582304	0.415693095411	-0.0251616451885	0.779332713722	28.9878141338	36.4136547872	-18.9263141773

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 144 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 145 through 162 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 163 through 183 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 184 through 284 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 285 through 326 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 23 through 88 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 89 through 284 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 285 through 327 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)