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Yorodumi- PDB-6tv9: Heme d1 biosynthesis associated Protein NirF in complex with dihy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tv9 | ||||||
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Title | Heme d1 biosynthesis associated Protein NirF in complex with dihydro-heme d1 | ||||||
Components | Protein NirF,Protein NirF | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / 8-bladed beta-propeller / heme d1 biosynthesis / homodimer / ligand complex | ||||||
Function / homology | Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / cytoplasm / HEME D / Protein NirF Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.893 Å | ||||||
Authors | Kluenemann, T. / Layer, G. / Blankenfeldt, W. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: Crystal structure of NirF: insights into its role in heme d 1 biosynthesis. Authors: Klunemann, T. / Nimtz, M. / Jansch, L. / Layer, G. / Blankenfeldt, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tv9.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tv9.ent.gz | 1.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6tv9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tv9_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6tv9_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
Data in XML | 6tv9_validation.xml.gz | 119 KB | Display | |
Data in CIF | 6tv9_validation.cif.gz | 167.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tv9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6tv2SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41999.281 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria) Gene: nirF, PA0516 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: Q51480 #2: Chemical | ChemComp-DHE / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% (w/v) PEG 4000 20% (v/v) glycerol 0.02M Morpheus amino acid Mix 0.1M MOPS/HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X11 / Wavelength: 1.7265 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 12, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.7265 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→100.09 Å / Num. obs: 149789 / % possible obs: 93 % / Redundancy: 6.1 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.89→2.14 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7472 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.342 / % possible all: 52.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 6TV2 Resolution: 1.893→100.09 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.38 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.38 Å2 / Biso mean: 25.0315 Å2 / Biso min: 1.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.893→100.09 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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