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- PDB-6tuo: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tuo
タイトルCrystal structure of Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with cognate DNA oligoduplex 5'-pATTGTACGTACAAT
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
  • Piwi protein AF_1318
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ARGONAUTE / PIWI DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / Piwi protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Grazulis, S. / Zaremba, M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Archaeoglobus fulgidus Argonaute protein with cognate DNA oligoduplex 5'-pATTGTACGTACAAT
著者: Golovinas, E. / Manakova, E. / Sasnauskas, G. / Zaremba, M.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi protein AF_1318
R: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
S: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,24713
ポリマ－59,4793
非ポリマー76910
水6,305350
1
A: Piwi protein AF_1318
R: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
S: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
ヘテロ分子

A: Piwi protein AF_1318
R: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
S: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,49526
ポリマ－118,9586
非ポリマー1,53720
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545x,-y-1,-z1
Buried area13800 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area39780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.011, 99.634, 109.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-662-

HOH

21A-926-

HOH

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ARS

#1: タンパク質 Piwi protein AF_1318 / AfAgo / AfPiwi / PIWI/MID domain protein


分子量: 50921.121 Da / 分子数: 1 / 断片: Arhaeoglobus fulgidus Argonaute protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (strain ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126) (古細菌)
株: DSM 4304 / 遺伝子: AF_1318 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O28951
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*TP*AP*CP*AP*AP*TP)-3'


分子量: 4278.815 Da / 分子数: 2 / 断片: oligodeoxyribonucleotide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 360分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 断片: oligodeoxyribonucleotide / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Na-Cacodylate pH 5.5 0.05 M, KCl_0.2 M, MgCl2 0.01 M, PEG4000 5% (w/v), glycerol 5% (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日 / 詳細: silica substrate + Rh coating
放射モノクロメーター: Oxford-FMB, UK; Si(111) or Si(311); both crystals LN2 cooled, fixed exit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→99.63 Å / Num. all: 349485 / Num. obs: 53664 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 29.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.846.70.8152100531280.90.3370.8832.6100
9-99.635.60.02728945140.9980.0130.0360.999

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.461
最高解像度最低解像度
Rotation54.9 Å2.23 Å
Translation54.9 Å2.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
MOLREP11.6.04; 25.05.2018位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1ytu

1ytu


解像度: 1.8→54.901 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 27.38
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 5287 9.84 %Random selection
Rwork0.1841 ---
obs0.1883 53664 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 169.13 Å2 / Biso mean: 48.285 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→54.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3294 576 44 350 4264
Biso mean--58.16 49.87 -
残基数----433
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8-1.82050.41583470.3708302099
1.8205-1.84190.36323500.33883054100
1.8419-1.86430.34853300.3263054100
1.8643-1.8880.3333150.29643072100
1.888-1.91280.33243510.28993058100
1.9128-1.9390.29543370.26843055100
1.939-1.96670.32523240.26263048100
1.9667-1.99610.28183530.24373081100
1.9961-2.02720.30092990.22983044100
2.0272-2.06050.27263100.22593092100
2.0605-2.0960.26153260.20613115100
2.096-2.13410.24093510.20253001100
2.1341-2.17520.27683180.19823130100
2.1752-2.21960.25793520.18973021100
2.2196-2.26780.23023480.1923018100
2.2678-2.32060.2433530.19243068100
2.3206-2.37860.21163340.17893047100
2.3786-2.44290.223560.18593063100
2.4429-2.51480.24383110.19943055100
2.5148-2.5960.27383280.18893110100
2.596-2.68880.27563800.193007100
2.6888-2.79640.26513340.19573076100
2.7964-2.92370.21943030.18763081100
2.9237-3.07780.25423280.18673097100
3.0778-3.27060.22483260.19253053100
3.2706-3.52310.23593100.16953087100
3.5231-3.87760.18493320.15183063100
3.8776-4.43850.16723620.1396300599
4.4385-5.59120.17613350.14323086100
5.5912-100.20713200.1787306199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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