PDB-6tty: Structure of ClpP from Staphylococcus aureus (apo, closed state)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tty

タイトル

Structure of ClpP from Staphylococcus aureus (apo, closed state)

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / caseinolytic protease / allosteric regulation / extended conformation / closed state

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Malik, I.T. / Pereira, R. / Vielberg, M.-T. / Mayer, C. / Straetener, J. / Thomy, D. / Famulla, K. / Castro, H.C. / Sass, P. / Groll, M. / Broetz-Oesterheldt, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Functional Characterisation of ClpP Mutations Conferring Resistance to Acyldepsipeptide Antibiotics in Firmicutes.
著者: Malik, I.T. / Pereira, R. / Vielberg, M.T. / Mayer, C. / Straetener, J. / Thomy, D. / Famulla, K. / Castro, H. / Sass, P. / Groll, M. / Brotz-Oesterhelt, H.

履歴

登録	2019年12月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tty.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tty.ent.gz	896.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ttzC 3v5eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sta-d 3v5e-d 3mt6-2 3v5i-2 4emp-d 5dkp-1 5dkp-2 6iw7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

316 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.190, 99.250, 107.470
Angle α, β, γ (deg.)	105.220, 101.270, 117.700
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 22578.680 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, ...遺伝子: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, FA040_07130, FVP29_07535, HMPREF3211_00508, M1K003_1188, NCTC10654_00875, NCTC10702_01301, NCTC5664_02933, NCTC7878_03438, NCTC7988_00802, RK64_04595, SAMEA2445518_01089 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A077UUA2, UniProt: Q2G036*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp

分子量: 22578.680 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: clpP, clpP_1, clpP_2, BN1321_180012, BTN44_08670, C7P97_11805, CSC83_03355, CSC87_04280, DB727_01400, E3A28_04745, E4U00_01395, EP54_12650, EQ90_03850, ERS072840_01646, ERS140147_01605, ...
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A077UUA2, UniProt: Q2G036*PLUS, endopeptidase Clp

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 0.2 M MgAc, 15% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 215068 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 30904

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V5E

3v5e

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.511 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.11 / ESU R Free: 0.146
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	10750	5 %	RANDOM
R_work	0.1728	-	-	-
obs	0.1751	204262	87.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.52 Å² / B_iso mean: 27.5 Å² / B_iso min: 14.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	-0.92 Å²	-0.36 Å²
2-	-	1.17 Å²	-0.23 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20603	0	0	1975	22578
B_iso mean	-	-	-	36.47	-
残基数	-	-	-	-	2666

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	20978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.23	1.972	28357
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.426	5	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.606	25.323	945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.631	15	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.32	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	15571
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.518	3	20978
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.025	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	8.353	5	21528

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	780	-
R_work	0.341	14835	-
all	-	15615	-
obs	-	-	86.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0357	0.0001	0.0629	0.0732	0.0611	0.2154	-0.0019	-0.0078	-0.0074	0.0069	0.0034	0.0049	0.0005	0.003	-0.0015	0.006	0.004	0.0047	0.012	0.0049	0.0066	-62.4335	0.1587	33.7255
2	0.0665	0.0092	-0.0377	0.0447	0.0942	0.2527	0.0029	-0.0082	-0.0222	0.0087	-0.0034	-0.0069	0.0115	-0.0069	0.0006	0.0116	0.0076	0.0041	0.0083	0.0078	0.011	-41.0875	-14.1092	31.5073
3	0.1489	0.0861	-0.0636	0.0521	-0.024	0.1407	0.0085	-0.0083	-0.0174	0.0059	-0.0036	-0.0131	-0.0053	0.0021	-0.0048	0.0104	0.0094	0.0023	0.0107	0.0059	0.0114	-16.7056	-5.4663	29.2625
4	0.0213	0.0336	-0.0335	0.095	-0.0198	0.089	0.0023	-0.0025	-0.0023	0.0092	0.0053	-0.0203	-0.0038	0.0009	-0.0076	0.0057	0.009	-0.0019	0.0183	0.0028	0.0143	-8.1069	18.7951	30.389
5	0.033	-0.0368	0.0091	0.0616	-0.062	0.134	-0.0071	-0.0058	0.0115	0.0057	0.0084	-0.0102	0.0026	-0.0076	-0.0013	0.0071	0.0081	-0.0051	0.0111	-0.0036	0.0085	-20.9349	41.2661	31.9354
6	0.0475	-0.0253	0.0489	0.027	-0.0474	0.0848	-0.0017	-0.0127	0.0108	0.0039	0.0053	0.0037	-0.0038	-0.0081	-0.0036	0.0109	0.0091	0.0005	0.0116	-0.0046	0.0099	-46.0978	44.8724	33.5323
7	0.0889	0.0333	0.1229	0.056	0.0153	0.1925	0.0074	-0.0079	0.003	0.0081	-0.0065	0.0112	0.0078	-0.0073	-0.0009	0.0075	0.0072	0.0059	0.0128	0.0033	0.0085	-64.6453	26.0216	34.6402
8	0.0746	-0.0451	0.0264	0.0634	-0.0136	0.1349	-0.0059	0.0055	0.0044	-0.0028	0.0018	-0.0097	0.0047	-0.0105	0.0041	0.0028	0.0002	0.0036	0.0092	0.0065	0.0099	-21.3338	41.5376	-16.2749
9	0.0157	-0.0263	0.0204	0.1326	-0.0468	0.0644	-0.0001	0.0084	-0.0007	-0.0103	0.0031	-0.01	0.0009	0.0001	-0.003	0.0034	0.0013	0.0048	0.0151	0.0039	0.0075	-11.3105	19.6492	-19.7798
10	0.0351	0.0384	-0.0205	0.0844	-0.0647	0.1324	-0.0068	0.009	-0.0122	-0.0048	0.008	-0.0031	-0.006	-0.0026	-0.0012	0.0092	0.0005	0.0062	0.0065	-0.003	0.0084	-22.3714	-5.9361	-19.2191
11	0.0593	0.0214	-0.0445	0.0153	-0.0394	0.1574	-0.0058	0.0137	-0.0123	-0.0014	0.0106	-0.0004	-0.0022	-0.0195	-0.0048	0.005	-0.0004	0.0029	0.0096	-0.003	0.0084	-47.5185	-12.0128	-17.4948
12	0.0974	-0.0598	-0.0937	0.1814	0.0589	0.1764	-0.007	0.017	0.0059	-0.0149	0.0021	0.0118	-0.0043	-0.0017	0.0049	0.0062	-0.0009	-0.0053	0.0137	0.0012	0.0045	-67.4155	3.5337	-15.3612
13	0.0258	0.0232	-0.0175	0.1486	0.053	0.1744	-0.0039	0.0088	0.0073	-0.0148	0.0128	0.0126	-0.0003	-0.0044	-0.0089	0.0045	0.0036	-0.0009	0.0153	0.008	0.0102	-67.0456	30.213	-14.7071
14	0.1373	0.0428	0.0831	0.0245	0.0678	0.2375	-0.0051	0.0176	0.0024	-0.0012	0.0084	0.0025	0.0036	0.0041	-0.0032	0.0086	0.0015	0.0009	0.0123	0.0083	0.0065	-47.2943	46.7925	-15.6384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 192
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 192
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	4 - 202
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 192
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	3 - 192
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 199
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 192
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	2 - 192

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)