[日本語] English
万見
- PDB-6ttr: Crystal Structure of the coiled coil and GGDEF domain of DgcB fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ttr
タイトルCrystal Structure of the coiled coil and GGDEF domain of DgcB from Caulobacter crescentus in complex with c-di-GMP
要素GGDEF diguanylate cyclase DgcB
キーワードSIGNALING PROTEIN / GGDEF / c-di-GMP / cyclic di-GMP / Caulobacter / DgcB / diguanylate cyclase / DGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / PHOSPHATE ION / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Holzschuh, F. / Schirmer, T. / Teixeira, R.D.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-166652 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the coiled coil and GGDEF domain of DgcB from Caulobacter crescentus in complex with c-di-GMP
著者: Holzschuh, F. / Schirmer, T. / Teixeira, R.D.
履歴
登録2019年12月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GGDEF diguanylate cyclase DgcB
B: GGDEF diguanylate cyclase DgcB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2637
ポリマ－48,0012
非ポリマー2,2615
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.084, 148.745, 60.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 GGDEF diguanylate cyclase DgcB


分子量: 24000.729 Da / 分子数: 2 / 変異: E261A, E262A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain NA1000 / CB15N) (バクテリア)
遺伝子: dgcB, CCNA_01926 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3CAN8
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris BICINE, 20% v/v Glycerol, 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47.24 Å / Num. obs: 17722 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 62.24 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.85→3.01 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.717 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2616 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.708 / Rrim(I) all: 1.008 / Χ2: 0.98 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDS20180808データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DgcB GGDEF

解像度: 2.85→47.24 Å / SU ML: 0.4265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.9431 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 883 4.99 %
Rwork0.2168 16826 -
obs0.2192 17709 92.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 148 0 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00563147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0224280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.05471880
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.030.35181450.32592852X-RAY DIFFRACTION95.75
3.03-3.270.36221330.28362884X-RAY DIFFRACTION96.67
3.27-3.60.29421460.24232758X-RAY DIFFRACTION92.93
3.6-4.120.28641330.21992797X-RAY DIFFRACTION91.99
4.12-5.190.23081630.17472804X-RAY DIFFRACTION93.01
5.19-47.240.22551630.18922731X-RAY DIFFRACTION86.23

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る