PDB-6ttd: Crystal structure of McoA multicopper oxidase 2F4 variant from th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ttd

タイトル

Crystal structure of McoA multicopper oxidase 2F4 variant from the hyperthermophile Aquifex aeolicus

要素

Multicopper oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / multicopper oxidase / hyperthermophiles / Met-rich loops / laccases / directed evolution

機能・相同性

COPPER (II) ION / OXYGEN MOLECULE

機能・相同性情報

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Borges, P.T. / Brissos, V. / Cordeiro, T.N. / Martins, L.O. / Frazao, C.

資金援助

ポルトガル, 3件

組織	認可番号	国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	PTDC/BBBEBB/0122/2014	ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia	PTDC/BII-BBF/29564/2017	ポルトガル
Other government	LISBOA-01-0145-FEDER-007660	ポルトガル

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Distal Mutations Shape Substrate-Binding Sites during Evolution of a Metallo-Oxidase into a Laccase
著者: Brissos, V. / Borges, P.T. / Nunez-Franco, R. / Lucas, M.F. / Frazao, C. / Monza, E. / Masgrau, L. / Cordeiro, T.N. / Martins, L.O.

履歴

登録	2019年12月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.2	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ttd.cif.gz	393 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ttd.ent.gz	319.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ttd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6ttd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6ttd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3aw5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rh0-2 3rv7-2 4ai9-1 1cpy-d 3wq8-7 1mu9-1 1bcr-d 1nop-1 1v5z-d 5gwn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Multicopper oxidase

B: Multicopper oxidase

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Multicopper oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
60.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Multicopper oxidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.200, 89.580, 86.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: CU / End label comp-ID: CU / Auth seq-ID: 45 - 704 / Label seq-ID: 45

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A - F
2	chain B	B	B - P

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Multicopper oxidase 分子量: 59339.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: sufI, aq_1130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 809分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.29 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: One week, 20C, 2 M ammonium sulfate, 15mg/mL protein

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.801→48.22 Å / Num. obs: 169152 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 18.05 Å² / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 10.39
反射シェル	解像度: 1.801→1.9 Å / Num. unique obs: 56362 / R_rim(I) all: 0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AW5

3aw5

解像度: 1.801→48.22 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.68
詳細: McoA 2F4 refinement converged to Rwork and Rfree of 0.160 and 0.198, respectively using a Rfree test set size of 1.15% (1922 reflections). The final model was refined versus the full data, ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1604	167176	100 %
R_work	0.1604	-	-
obs	0.1604	167176	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.36 Å² / B_iso mean: 25.6795 Å² / B_iso min: 6.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.801→48.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7378	0	74	792	8244
B_iso mean	-	-	43.14	36.36	-
残基数	-	-	-	-	914

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4501	X-RAY DIFFRACTION	7.001	TORSIONAL
1	2	B	4501	X-RAY DIFFRACTION	7.001	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.8011-1.8216	0.3058	4903	0.3058	4903	88
1.8216-1.843	0.2886	5674	0.2886	5674	100
1.843-1.8655	0.2767	5690	0.2767	5690	100
1.8655-1.8891	0.2701	5597	0.2701	5597	100
1.8891-1.914	0.2688	5630	0.2688	5630	100
1.914-1.9402	0.2555	5597	0.2555	5597	100
1.9402-1.9679	0.2493	5618	0.2493	5618	100
1.9679-1.9973	0.2408	5652	0.2408	5652	100
1.9973-2.0285	0.2266	5619	0.2266	5619	100
2.0285-2.0618	0.2282	5645	0.2282	5645	100
2.0618-2.0973	0.2105	5634	0.2105	5634	100
2.0973-2.1355	0.2073	5562	0.2073	5562	100
2.1355-2.1765	0.2013	5678	0.2013	5678	100
2.1765-2.221	0.1883	5591	0.1883	5591	100
2.221-2.2693	0.1846	5629	0.1846	5629	100
2.2693-2.3221	0.1817	5656	0.1817	5656	100
2.3221-2.3801	0.1766	5611	0.1766	5611	100
2.3801-2.4445	0.173	5603	0.173	5603	100
2.4445-2.5164	0.1793	5625	0.1793	5625	100
2.5164-2.5976	0.1647	5621	0.1647	5621	100
2.5976-2.6905	0.1605	5625	0.1605	5625	99
2.6905-2.7982	0.1555	5577	0.1555	5577	98
2.7982-2.9255	0.1418	5391	0.1418	5391	97
2.9255-3.0797	0.1341	5385	0.1341	5385	96
3.0797-3.2726	0.1224	5249	0.1224	5249	92
3.2726-3.5252	0.1118	5579	0.1118	5579	99
3.5252-3.8799	0.103	5669	0.103	5669	100
3.8799-4.4409	0.0896	5612	0.0896	5612	100
4.4409-5.5938	0.0987	5638	0.0987	5638	100
5.5938-48.22	0.1469	5616	0.1469	5616	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1454	0.0443	0.0202	0.2918	-0.0003	0.0026	-0.0038	0.0315	-0.0949	-0.0825	-0.0075	-0.0004	0.028	0.0437	-0.0033	0.0964	0.0039	0.0029	0.1175	-0.0113	0.1171	68.0097	-18.8723	78.6065
2	0.0067	-0.0098	-0.0255	0.0145	0.0375	0.0969	-0.0338	0.0631	-0.0523	-0.0265	0.0147	0.1698	0.0817	0.0656	-0.0048	0.064	0.0104	-0.0298	0.1315	-0.0263	0.1948	49.3335	-13.9117	77.9388
3	0.163	-0.137	-0.0454	0.2785	0.0234	0.0491	0.0074	0.01	-0.0399	-0.0373	-0.0109	0.0254	0.0265	0.0441	-0.0009	0.0648	-0.0056	0.0005	0.1125	-0.0001	0.092	67.4717	-12.1812	79.9586
4	0.0027	0.017	-0.0064	0.1012	-0.0336	0.0109	-0.0193	-0.0412	-0.021	0.1225	-0.0363	-0.0301	-0.1329	-0.0197	-0.0121	0.1019	0.0208	0.0013	0.1333	-0.0121	0.0741	70.3073	-10.7425	97.2443
5	0.0782	-0.0447	-0.0279	0.0822	-0.0004	0.0136	-0.0064	-0.0334	0.0277	0.0494	-0.0106	-0.0777	0.0364	0.0374	-0.0196	0.0629	-0.0056	0.0002	0.1294	-0.004	0.1271	80.8937	-1.7295	85.9957
6	0.0532	-0.097	0.0014	0.2329	0.0174	0.0051	-0.015	-0.0067	0.073	0.0215	-0.0309	-0.0858	0.0126	-0.0002	-0.0217	0.0425	0.0039	-0.0053	0.1173	0.0061	0.1063	79.6866	2.3164	85.6434
7	0.0115	0.0041	0.0007	0.0031	-0.0024	0.0036	-0.027	0.0391	0.0353	-0.0993	-0.0699	-0.0319	-0.0371	-0.0657	0	0.1137	0.0018	0.0074	0.1556	0.036	0.1106	74.8386	9.8758	68.0936
8	0.061	0.0067	0.0334	0.03	0.0316	0.0447	0.0781	-0.024	0.2298	0.0158	0.0582	0.2164	-0.0392	0.0146	0.0014	0.1279	0.0675	0.0179	0.1901	0.0214	0.2559	50.0242	8.6755	82.9385
9	0.09	0.1059	-0.0231	0.2054	-0.1285	0.1313	-0.0669	-0.0646	-0.08	0.1092	0.0362	0.2021	0.0129	-0.0055	0.0035	0.0817	0.0101	0.0213	0.156	0.0184	0.2352	44.4391	-7.2961	93.5429
10	0.1867	0.0773	-0.114	0.217	-0.1033	0.1606	0.0033	0.0006	0.0345	0.0352	0.0151	0.1815	-0.0618	-0.0224	0.0154	0.0462	0.012	-0.0114	0.1116	-0.022	0.145	53.0023	1.1826	83.2031
11	0.1214	-0.0074	0.0498	0.3016	0.0761	0.0528	-0.0205	0.1056	0.0769	0.0329	0.0197	-0.0596	-0.1504	-0.0222	-0.0025	0.2397	-0.0002	0.0239	0.1164	0.0074	0.0975	88.0247	-6.8256	39.364
12	0.0002	-0.0001	0.0003	0.0038	0.0005	0.0002	0.0774	0.0362	0.0163	0.0872	0.1587	-0.0736	-0.028	0.054	0.0003	0.295	-0.012	-0.0741	0.2105	-0.0119	0.2552	103.86	-12.3347	48.9918
13	0.2186	-0.2683	0.1385	0.4838	-0.0484	0.1622	-0.0225	0.0271	0.0327	0.0426	0.0089	-0.0624	-0.0962	-0.004	0.0039	0.202	-0.0036	0.0217	0.103	-0.0069	0.07	87.5878	-13.5172	40.6467
14	0.1764	0.0896	0.0661	0.0534	0.0247	0.0355	-0.1453	-0.025	-0.0683	0.143	-0.0007	0.0899	0.0389	-0.0914	-0.0965	0.3405	0.046	0.1077	0.1643	-0.0016	0.167	75.64	-15.0648	53.4192
15	0.0523	-0.0742	0.0192	0.11	-0.0174	0.0215	-0.0199	0.028	-0.0824	0.1416	-0.0053	0.2465	-0.0584	-0.0528	0.0004	0.2211	-0.0041	0.0366	0.1537	-0.0165	0.1953	72.8363	-23.5825	38.0207
16	0.1616	-0.1414	0.0417	0.3507	0.0344	0.0556	0.0404	-0.0038	-0.1042	0.1297	-0.0722	0.2598	0.0786	-0.0497	0.0143	0.213	-0.0272	0.0478	0.158	-0.0208	0.1769	73.7966	-27.7516	38.194
17	0.0076	0.0086	-0.0028	0.0096	-0.0028	0.0083	0.0049	0.0162	-0.0878	-0.0102	-0.0492	0.0181	0.007	0.0477	-0.0013	0.2561	0.0451	0.0288	0.1301	-0.0421	0.1624	87.4532	-35.3507	26.2818
18	0.3607	0.0948	0.113	0.1179	-0.0904	0.1865	0.1025	0.0167	-0.0262	0.2058	0.0032	-0.1792	0.1171	0.0537	0.0084	0.415	0.1106	-0.0869	0.1869	-0.0093	0.1548	100.0792	-34.6849	52.3917
19	0.0476	-0.0691	0.0333	0.1717	-0.0165	0.0383	-0.038	-0.1964	0.0705	0.2002	0.1214	-0.1146	0.018	0.018	0.0099	0.5026	0.0099	-0.1311	0.225	-0.0247	0.2082	99.0895	-19.1617	64.539
20	0.3023	0.2804	0.0113	0.8228	0.056	0.2794	-0.0269	-0.033	-0.055	0.3651	0.092	-0.2116	0.0926	0.0248	0.3243	0.302	0.0208	-0.0524	0.0991	0.0113	0.091	97.5225	-27.2836	51.091

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 45:125)	A	45 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 126:134)	A	126 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 135:218)	A	135 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 219:238)	A	219 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 239:270)	A	239 - 270
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 271:377)	A	271 - 377
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 378:384)	A	378 - 384
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 385:403)	A	385 - 403
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 404:422)	A	404 - 422
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 423:525)	A	423 - 525
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 45:125)	B	45 - 125
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 126:134)	B	126 - 134
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 135:218)	B	135 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 219:238)	B	219 - 238
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 239:270)	B	239 - 270
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 271:377)	B	271 - 377
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 378:384)	B	378 - 384
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 385:403)	B	385 - 403
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 404:422)	B	404 - 422
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 423:525)	B	423 - 525

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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