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万見
- PDB-6tsx: Crystal structure of horse L ferritin (HoLf) Fe(III)-loaded for 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsx
タイトルCrystal structure of horse L ferritin (HoLf) Fe(III)-loaded for 30 minutes
要素Ferritin light chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / horse L ferritin / HoLf / Fe(III) / trinuclear Fe(III) cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / OXYGEN ATOM / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.021 Å
データ登録者Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Turano, P. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2020
タイトル: Iron Biomineral Growth from the Initial Nucleation Seed in L-Ferritin.
著者: Ciambellotti, S. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Turano, P.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ferritin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,12922
ポリマ－20,0801
非ポリマー1,05021
水1,76598
1
AAA: Ferritin light chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,103528
ポリマ－481,91424
非ポリマー25,189504
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area94300 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area135910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.242, 181.242, 181.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-215-

CD

21AAA-216-

FE

31AAA-304-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Ferritin light chain / Ferritin L subunit


分子量: 20079.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30 mM cadmium nitrate, 1 M ammonium sulfate, 200 mM sodium acetate, pH 5.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.9795
シンクロトロンDiamond I0421.73894
シンクロトロンDiamond I0431.7512
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER2 X 16M1PIXEL2019年7月26日
DECTRIS EIGER2 X 16M2PIXEL2019年7月26日
DECTRIS EIGER2 X 16M3PIXEL2019年7月26日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray2
3Si(111)MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.738941
31.75121
反射

Entry-ID: 6TSX / Observed criterion σ(I): 2 / % possible obs: 100 %

解像度 (Å)Num. obs冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.02-104.641729821.738.710.0560.0130.06130.4
2.3-104.641187417.952.80.9990.0680.0190.084223.8
2.3-90.471183017.754.90.9990.0790.020.085317.9
反射 シェル

% possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID
2.02-2.1322.20.9013.924420.9150.1990.9411
2.3-2.42121.1492.116700.6850.3541.2432
2.3-2.4211.30.9572.316950.7490.3051.0413

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LG2

5lg2


解像度: 2.021→54.706 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.136
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 900 5.204 %
Rwork0.1844 --
all0.186 --
obs-17294 99.971 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.021→54.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1348 0 21 98 1467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0131379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0171275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9071.6361859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.41.5752943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.165170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85322.38184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.59915241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8351511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021563
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2460.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2070.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.252
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.150.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1460.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1540.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4744.185677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4774.184676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2116.245845
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2086.247846
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4664.757701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4624.755702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.1896.8671012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.1846.8651013
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.18350.9511594
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.86650.6411577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.021-2.0730.234670.2231182X-RAY DIFFRACTION100
2.073-2.130.177680.2091146X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.1920.213670.1931101X-RAY DIFFRACTION100
2.192-2.2590.194540.1871108X-RAY DIFFRACTION100
2.259-2.3330.211530.1841068X-RAY DIFFRACTION100
2.333-2.4150.213500.1641029X-RAY DIFFRACTION100
2.415-2.5060.197470.175985X-RAY DIFFRACTION100
2.506-2.6090.199460.167968X-RAY DIFFRACTION100
2.609-2.7240.21570.168917X-RAY DIFFRACTION100
2.724-2.8570.286540.161878X-RAY DIFFRACTION100
2.857-3.0120.203510.152834X-RAY DIFFRACTION100
3.012-3.1940.188490.157799X-RAY DIFFRACTION100
3.194-3.4150.156400.164770X-RAY DIFFRACTION100
3.415-3.6880.202370.151706X-RAY DIFFRACTION100
3.688-4.0390.209490.153652X-RAY DIFFRACTION100
4.039-4.5150.22320.157598X-RAY DIFFRACTION100
4.515-5.2120.265240.158552X-RAY DIFFRACTION100
5.212-6.380.391220.255474X-RAY DIFFRACTION100
6.38-9.0050.208210.25379X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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