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- PDB-6tsi: cd1 nitrite reductase NirS with bound dihydro-heme d1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsi
タイトルcd1 nitrite reductase NirS with bound dihydro-heme d1
要素Nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / cd1 nitrite reductase / NirS
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME D / HEME C / PHOSPHATE ION / Nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Kluenemann, T. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2223/1 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structure of heme d 1 -free cd 1 nitrite reductase NirS.
著者: Klunemann, T. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase
B: Nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,83216
ポリマ－120,5182
非ポリマー3,31414
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13830 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area37120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.762, 91.093, 112.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-823-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitrite reductase / Cytochrome cd1 / Cytochrome oxidase / Hydroxylamine reductase


分子量: 60259.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
参照: UniProt: P24474, nitrite reductase (NO-forming), hydroxylamine reductase

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非ポリマー , 5種, 260分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.9M K2HPO4 0.1M Tris-HCl pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.7389 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7389 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→112.71 Å / Num. obs: 50095 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.38→2.62 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2505 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.54 / % possible all: 44.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1-3769精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータ収集
STARANISOデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1nir

1nir


解像度: 2.38→79.61 Å / SU ML: 0.2594 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.0379
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 2513 5.02 %
Rwork0.2379 --
obs0.24 50038 72.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→79.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8364 0 214 246 8824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00968806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.369912053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0791286
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00411551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.32793213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.38-2.420.4305100.3259181X-RAY DIFFRACTION5.13
2.42-2.470.3364140.3437283X-RAY DIFFRACTION7.88
2.47-2.520.5176160.318425X-RAY DIFFRACTION11.72
2.52-2.580.3871450.3309733X-RAY DIFFRACTION20.86
2.58-2.650.3848690.34251453X-RAY DIFFRACTION40.26
2.65-2.720.29821170.32782200X-RAY DIFFRACTION61.49
2.72-2.80.32911510.32322756X-RAY DIFFRACTION77.01
2.8-2.890.31761610.3123167X-RAY DIFFRACTION87.56
2.89-2.990.3681800.29863418X-RAY DIFFRACTION95.59
2.99-3.110.31281970.28763579X-RAY DIFFRACTION99.39
3.11-3.250.331660.27443642X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.430.29082000.22913610X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.640.27332050.21013615X-RAY DIFFRACTION99.92
3.64-3.920.22391860.19853626X-RAY DIFFRACTION99.97
3.92-4.320.25372020.18343638X-RAY DIFFRACTION99.92
4.32-4.940.19691930.17323667X-RAY DIFFRACTION100
4.94-6.220.26481910.21673707X-RAY DIFFRACTION99.87
6.23-79.610.27242100.24683825X-RAY DIFFRACTION98.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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