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- PDB-6try: Crystal structure of human Aldehyde dehydrogenase 1A3 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6try
タイトルCrystal structure of human Aldehyde dehydrogenase 1A3 in complex with MF13 inhibitor compound
要素Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase isoenzyme ALDH1A3 Selective Inhibitor High grade Glioma
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / retinal dehydrogenase / embryonic camera-type eye development / thyroid hormone binding / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / retinal dehydrogenase / embryonic camera-type eye development / thyroid hormone binding / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway / righting reflex / retinal metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase (NAD+) activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / face development / neuromuscular process controlling balance / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-NW8 / Retinaldehyde dehydrogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gelardi, E.L.M. / Garavaglia, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of Education イタリア
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Progress in the Field of Aldehyde Dehydrogenase Inhibitors: Novel Imidazo[1,2- a ]pyridines against the 1A Family.
著者: Quattrini, L. / Gelardi, E.L.M. / Petrarolo, G. / Colombo, G. / Ferraris, D.M. / Picarazzi, F. / Rizzi, M. / Garavaglia, S. / La Motta, C.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3837
ポリマ－112,3552
非ポリマー2,0285
水19811
1
A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
B: Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,76614
ポリマ－224,7094
非ポリマー4,05710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area22750 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area59350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.296, 89.176, 159.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 / Aldehyde dehydrogenase 6 / Retinaldehyde dehydrogenase 3 / RalDH3


分子量: 56177.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P47895, retinal dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NW8 / 8-(4-chlorophenyl)-2-phenyl-imidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 304.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H13ClN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.4 M sodium malonate, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.96 Å / Num. obs: 48135 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.6 % / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.132 / Rsym value: 0.117 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.244.70.80.937260.4040.90.899.2
3.06-3.244.70.5161.435580.2640.5820.51699
3.24-3.474.60.2962.333490.1550.3370.29699.3
3.47-3.744.40.1763.931030.0940.2010.17698.8
3.74-4.140.1026.427320.0580.1180.10294.1
4.1-4.594.80.0778.526450.040.0880.07799.8
4.59-5.294.90.0659.723640.0330.0740.065100
5.29-6.484.80.0719.720190.0360.080.071100
6.48-9.174.60.04711.915920.0240.0530.04799.8
9.17-47.9574.20.04211.19260.0230.0490.04298.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FHZ

5fhz


解像度: 2.9→47.96 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.24 / 位相誤差: 27.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 2455 5.1 %
Rwork0.1907 --
obs0.1947 48135 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.42 Å2 / Biso mean: 61.173 Å2 / Biso min: 21.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→47.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7408 0 138 11 7557
Biso mean--79.37 44.48 -
残基数----960
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-2.960.37671500.3054251898
2.96-3.020.30651440.2727260398
3.02-3.080.3271300.2479252798
3.08-3.150.32891390.2537253097
3.15-3.230.30521510.2463250497
3.23-3.320.3631310.2393256297
3.32-3.420.29781100.2242254397
3.42-3.530.3351260.2083251996
3.53-3.650.28681460.2002251796
3.65-3.80.28531350.1968243494
3.8-3.970.27151410.1848232990
3.97-4.180.21751050.1717247294
4.18-4.440.2551570.15472628100
4.44-4.790.21051390.14512598100
4.79-5.270.25191520.17212603100
5.27-6.030.28771170.18862609100
6.03-7.590.27021680.19272579100
7.59-100.23051140.1547260599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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