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- PDB-6trj: LEDGF/p75 IBD dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trj
タイトルLEDGF/p75 IBD dimer
要素PC4 and SFRS1-interacting protein
キーワードPROTEIN BINDING / protein-protein interaction / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin ...supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / heterochromatin / nuclear periphery / euchromatin / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PC4 and SFRS1-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kugler, M. / Brynda, J.
引用ジャーナル: Structure
タイトル: Fine-tuning of the LEDGF/p75 interaction network by dimerization
著者: Lux, V. / Brouns, T. / Cermakova, K. / Srb, P. / Fabry, M. / Madlikova, M. / Horejsi, M. / Kugler, M. / Brynda, J. / Novak, P. / DeRijck, J. / Christ, F. / Debyser, Z. / Veverka, V.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PC4 and SFRS1-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5191
ポリマ－10,5191
非ポリマー00
水2,054114
1
A: PC4 and SFRS1-interacting protein

A: PC4 and SFRS1-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0392
ポリマ－21,0392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area4410 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area9870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.748, 58.748, 48.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

HOH

21A-214-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PC4 and SFRS1-interacting protein / CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived ...CLL-associated antigen KW-7 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52


分子量: 10519.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1 M Tris (base); BICINE pH 8.5; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 ...詳細: 0.1M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.1M DL-Alanine; 0.1M Glycine; 0.1M DL-Lysine monohydrochloride; 0.1M DL-Serine; 0.1 M Tris (base); BICINE pH 8.5; 20% v/v Glycerol; 10% w/v PEG 4000 (Morpheus Molecular Dimensions condition H11)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50.88 Å / Num. obs: 22048 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 5.467 % / Biso Wilson estimate: 21.766 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 17.65 / Num. measured all: 120531
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.382.6150.8270.966668383425500.4981.00166.5
1.38-1.473.6930.571.9111756359531830.7310.66488.5
1.47-1.594.1420.294.1313064336731540.9230.33293.7
1.59-1.744.3830.1766.6713264309130260.9750.297.9
1.74-1.954.960.10811.9914115284628460.9920.121100
1.95-2.256.520.05827.4216190248324830.9980.063100
2.25-2.759.5720.04143.720464213921380.9990.043100
2.75-3.8810.0070.03355.7616852168416840.9990.035100
3.88-50.888.2910.03358.8181589869840.9990.03599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.3→50.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.872 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0455 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1767 1089 4.9 %RANDOM
Rwork0.1373 ---
obs0.1393 20959 91.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 74.12 Å2 / Biso mean: 22.167 Å2 / Biso min: 11.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.02 Å20 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→50.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数684 0 0 115 799
Biso mean---33.38 -
残基数----85
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.019712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5181.969958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09831665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.862591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0962532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.58415157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.178155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.9513709
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.953516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.4585769
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 32 -
Rwork0.332 792 -
all-824 -
obs--46.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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