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- PDB-6tr0: Solution structure of U2AF2 RRM1,2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tr0
タイトルSolution structure of U2AF2 RRM1,2
要素Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
キーワードSPLICING / 3'-splice site / polypyrimidine tract / splicing regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / mRNA 3'-end processing / C2H2 zinc finger domain binding / commitment complex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / U2-type prespliceosome / molecular function inhibitor activity / spliceosomal complex assembly / Protein hydroxylation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of protein ubiquitination / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / nuclear speck / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor U2AF 65 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kang, H.-S. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: An autoinhibitory intramolecular interaction proof-reads RNA recognition by the essential splicing factor U2AF2.
著者: Kang, H.S. / Sanchez-Rico, C. / Ebersberger, S. / Sutandy, F.X.R. / Busch, A. / Welte, T. / Stehle, R. / Hipp, C. / Schulz, L. / Buchbender, A. / Zarnack, K. / Konig, J. / Sattler, M.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 65 kDa subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3421
ポリマ－22,3421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor U2AF 65 kDa subunit / U2 auxiliary factor 65 kDa subunit / hU2AF65 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit


分子量: 22342.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: U2AF2, U2AF65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26368

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D 1H-15N NOESY
121isotropic23D 1H-13C NOESY
131isotropic13D (H)CCH-TOCSY
141isotropic13D (H)CCH-COSY
151isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
171isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic13D HNCO
191isotropic13D HN(CA)CO
1101isotropic12D 1H-15N HSQC
1111isotropic13D H(CCO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] U2AF2, 90% H2O/10% D2O / Label: U2AF2 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: U2AF2 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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