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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tq8 | ||||||
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タイトル | Alcohol dehydrogenase from Candida magnoliae DSMZ 70638 (ADHA): thermostable 10fold mutant | ||||||
要素 | enzyme subunit | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / thermal stability / protein engineering | ||||||
機能・相同性 | NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Starmerella magnoliae (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Rovida, S. / Aalbers, F.S. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Approaching boiling point stability of an alcohol dehydrogenase through computationally-guided enzyme engineering. 著者: Aalbers, F.S. / Furst, M.J. / Rovida, S. / Trajkovic, M. / Gomez Castellanos, J.R. / Bartsch, S. / Vogel, A. / Mattevi, A. / Fraaije, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tq8.cif.gz | 185.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tq8.ent.gz | 148.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/6tq8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25842.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Starmerella magnoliae (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NEB 10-beta #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.999998 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.999998 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→49.16 Å / Num. obs: 29671 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 133568 / Scaling rejects: 155 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6TQ3 解像度: 2.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 19.553 / SU ML: 0.394 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.373 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.22 Å2 / Biso mean: 58.287 Å2 / Biso min: 29.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→19.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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