PDB-6tpz: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxyprop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tpz

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.299 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Bromodomain and Extraterminal Inhibitor with a Low Predicted Human Dose through Synergistic Use of Encoded Library Technology and Fragment Screening.
著者: Wellaway, C.R. / Amans, D. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Bit, R.A. / Brown, J.A. / Carlson, N.R. / Chung, C.W. / Cooper, A.W.J. / Craggs, P.D. / Davis, R.P. / Dean, T.W. / Evans, J.P. / ...

履歴

登録	2019年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tpz.cif.gz	50.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tpz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tpz_validation.pdf.gz	722.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tpz_full_validation.pdf.gz	722.8 KB	表示
XML形式データ	6tpz_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6tpz_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tpxC 6tpyC 6tq1C 6tq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ti5-d 5igk-d 4z1s-2 6keh-d 6vuc-d 5a85-d 6q3y-2 6jj5-d 6wgx-2 4hbx-d 4lys-d 4bw1-d 4c66-d 4hby-d 6mh7-2 5ti7-d 3svf-d 5xi2-d 6zed-d 4o7e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.493, 49.533, 58.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NV2 / 5-[1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholin-4-yl-benzimidazol-2-yl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one / 5-(1-(1,3-dimethoxypropan-2-yl)-5-morpholino-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)-1,3-dimethylpyridin-2(1H)-one 分子量: 426.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: of 0.1 PCTP pH 8.0, 25% v/v PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.299→49.53 Å / Num. obs: 28760 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 1.299→1.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 11.2 / Num. unique obs: 4083 / CC_1/2: 0.987 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: not published

解像度: 1.299→37.725 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 0.859 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	1407	4.902 %
R_work	0.1915	-	-
all	0.193	-	-
obs	-	28705	99.591 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.211 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.481 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.271 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.299→37.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1043	0	39	201	1283

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.144	1.664	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.188	1.616	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.123	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.96	25.172	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.372	15	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.024	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.16	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	400
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.048	2.098	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.042	2.093	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.803	4.703	675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.802	4.711	676
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.362	2.349	649
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.361	2.348	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.296	5.122	938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.294	5.121	939
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.362	20.877	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.36	20.875	1476

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.299-1.333	0.247	91	0.222	1933	0.223	2086	0.921	0.931	97.0278	0.207
1.333-1.37	0.266	95	0.223	1954	0.225	2049	0.904	0.926	100	0.206
1.37-1.409	0.207	97	0.213	1916	0.213	2013	0.948	0.94	100	0.196
1.409-1.453	0.244	105	0.213	1794	0.214	1900	0.92	0.934	99.9474	0.201
1.453-1.5	0.213	86	0.205	1807	0.205	1893	0.941	0.943	100	0.197
1.5-1.553	0.214	93	0.204	1715	0.204	1808	0.944	0.945	100	0.199
1.553-1.611	0.228	108	0.212	1626	0.213	1734	0.933	0.939	100	0.211
1.611-1.677	0.213	68	0.197	1642	0.197	1711	0.941	0.949	99.9416	0.203
1.677-1.751	0.201	74	0.203	1547	0.203	1622	0.947	0.946	99.9383	0.216
1.751-1.837	0.189	76	0.205	1489	0.204	1565	0.951	0.944	100	0.221
1.837-1.936	0.252	67	0.2	1409	0.202	1476	0.921	0.939	100	0.225
1.936-2.053	0.19	77	0.181	1335	0.182	1413	0.951	0.955	99.9292	0.211
2.053-2.194	0.218	76	0.18	1265	0.183	1343	0.946	0.952	99.8511	0.216
2.194-2.369	0.219	63	0.18	1161	0.182	1227	0.955	0.956	99.7555	0.222
2.369-2.594	0.207	52	0.19	1098	0.191	1155	0.949	0.954	99.5671	0.235
2.594-2.899	0.256	43	0.19	1002	0.193	1047	0.926	0.945	99.809	0.244
2.899-3.344	0.203	44	0.18	893	0.182	942	0.943	0.957	99.4692	0.236
3.344-4.087	0.231	37	0.167	754	0.169	799	0.936	0.959	98.9987	0.23
4.087-5.747	0.221	32	0.171	606	0.174	642	0.955	0.963	99.3769	0.223
5.747-37.725	0.174	23	0.259	352	0.253	389	0.95	0.929	96.401	0.365

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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