PDB-6tpy: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 1,3-dimethyl-5-(1-((tet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tpy

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH 1,3-dimethyl-5-(1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)pyridin-2(1H)-one

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Bromodomain and Extraterminal Inhibitor with a Low Predicted Human Dose through Synergistic Use of Encoded Library Technology and Fragment Screening.
著者: Wellaway, C.R. / Amans, D. / Bamborough, P. / Barnett, H. / Bit, R.A. / Brown, J.A. / Carlson, N.R. / Chung, C.W. / Cooper, A.W.J. / Craggs, P.D. / Davis, R.P. / Dean, T.W. / Evans, J.P. / ...

履歴

登録	2019年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tpy.cif.gz	49 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tpy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tpy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tpy_validation.pdf.gz	813.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tpy_full_validation.pdf.gz	813.2 KB	表示
XML形式データ	6tpy_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	6tpy_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/6tpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tpxC 6tpzC 6tq1C 6tq2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yh3-d 6xv3-3 6rwj-d 3p5o-d 5z8r-d 4bw4-d 5o97-d 4o7f-1 4uiy-d 6p05-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.694, 43.252, 79.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NUB / 1,3-dimethyl-5-[1-(oxan-4-ylmethyl)benzimidazol-2-yl]pyridin-2-one / 1,3-dimethyl-5-(1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)pyridin-2(1H)-one 分子量: 337.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M BTP pH8.5, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→79.18 Å / Num. obs: 12890 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2595 / CC_1/2: 0.781 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: not published

解像度: 1.8→39.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 4.395 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2549	627	4.882 %
R_work	0.1987	-	-
all	0.201	-	-
obs	-	12844	99.86 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.497 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.578 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.919 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1062	0	37	196	1295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.296	1.672	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.185	1.603	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.602	5	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.533	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.028	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.948	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.168	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.826	3.568	509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.789	3.55	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.194	7.983	635
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.206	8.009	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.88	4.16	625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.877	4.158	626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.207	8.93	905
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.204	8.927	906
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.454	33.5	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.454	33.499	1418

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.364	56	0.225	881	0.233	938	0.82	0.909	99.8934	0.216
1.847-1.897	0.329	31	0.321	856	0.321	888	0.717	0.7	99.8874	0.303
1.897-1.952	0.393	51	0.333	840	0.337	892	0.561	0.593	99.8879	0.319
1.952-2.012	0.26	36	0.275	831	0.275	867	0.748	0.771	100	0.257
2.012-2.078	0.28	35	0.239	771	0.241	808	0.877	0.899	99.7525	0.221
2.078-2.151	0.255	36	0.217	802	0.219	839	0.901	0.909	99.8808	0.207
2.151-2.232	0.284	41	0.216	723	0.22	764	0.887	0.907	100	0.209
2.232-2.322	0.292	28	0.227	716	0.23	745	0.894	0.904	99.8658	0.22
2.322-2.425	0.312	35	0.213	709	0.218	744	0.844	0.909	100	0.21
2.425-2.543	0.323	45	0.22	632	0.227	679	0.876	0.899	99.7055	0.214
2.543-2.68	0.36	29	0.207	625	0.212	656	0.848	0.916	99.6951	0.208
2.68-2.842	0.222	35	0.197	596	0.199	631	0.92	0.934	100	0.203
2.842-3.037	0.238	25	0.188	574	0.19	600	0.921	0.939	99.8333	0.195
3.037-3.279	0.268	27	0.182	535	0.186	562	0.93	0.943	100	0.194
3.279-3.589	0.272	31	0.163	481	0.169	512	0.917	0.955	100	0.18
3.589-4.009	0.158	25	0.169	440	0.169	469	0.957	0.961	99.1471	0.2
4.009-4.621	0.189	21	0.147	400	0.149	421	0.97	0.97	100	0.175
4.621-5.64	0.194	17	0.163	354	0.164	371	0.937	0.966	100	0.204
5.64-7.897	0.228	13	0.177	276	0.18	289	0.953	0.959	100	0.214
7.897-39.59	0.199	10	0.184	175	0.185	187	0.93	0.97	98.9305	0.243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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