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万見
- PDB-6tpk: Crystal structure of the human oxytocin receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpk
タイトルCrystal structure of the human oxytocin receptor
要素Oxytocin receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / Eukaryotic / Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxytocin receptor activity / response to anoxia / sperm ejaculation / positive regulation of penile erection / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / maternal process involved in parturition / positive regulation of norepinephrine secretion ...oxytocin receptor activity / response to anoxia / sperm ejaculation / positive regulation of penile erection / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / maternal process involved in parturition / positive regulation of norepinephrine secretion / telencephalon development / positive regulation of blood pressure / maternal behavior / positive regulation of synapse assembly / digestive tract development / eating behavior / suckling behavior / social behavior / microvillus / peptide hormone binding / cellular response to hormone stimulus / estrous cycle / ionotropic glutamate receptor binding / muscle contraction / positive regulation of vasoconstriction / lactation / ERK1 and ERK2 cascade / response to amphetamine / response to cytokine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to progesterone / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / female pregnancy / adherens junction / response to cocaine / memory / response to peptide hormone / response to estradiol / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oxytocin receptor / Vasopressin receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-NU2 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Oxytocin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Waltenspuehl, Y. / Schoeppe, J. / Ehrenmann, J. / Kummer, L. / Plueckthun, A.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_153143 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_182334 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of the human oxytocin receptor.
著者: Waltenspuhl, Y. / Schoppe, J. / Ehrenmann, J. / Kummer, L. / Pluckthun, A.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxytocin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1504
ポリマ－56,1631
非ポリマー9873
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area780 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.987, 78.858, 283.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Oxytocin receptor / OT-R


分子量: 56162.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OXTR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30559
#2: 化合物 ChemComp-NU2 / (3~{R},6~{R})-6-[(2~{S})-butan-2-yl]-3-(2,3-dihydro-1~{H}-inden-2-yl)-1-[(1~{R})-1-(2-methyl-1,3-oxazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-2-oxidanylidene-ethyl]piperazine-2,5-dione / レトシバン


分子量: 494.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: ADA, PEG400, NaH2PO4, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 104.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→47.59 Å / Num. obs: 14739 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.489 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 472505 / Scaling rejects: 91
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.4232.95.3598606326160.5781.199.7
9.05-47.5930.40.105221757300.99824.899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: protein

解像度: 3.2→29.843 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 632 4.33 %
Rwork0.2518 --
obs0.2523 14602 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 236.69 Å2 / Biso mean: 100.8851 Å2 / Biso min: 45.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→29.843 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3647 0 71 0 3718
Biso mean--113.37 --
残基数----461
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2002-3.4470.38791100.356276399
3.447-3.79320.33961320.30352705100
3.7932-4.34070.25461370.24572774100
4.3407-5.46330.21691340.22052805100
5.4633-29.840.25061190.23332923100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3397 Å / Origin y: -4.7867 Å / Origin z: 95.9716 Å
111213212223313233
T0.8463 Å2-0.0644 Å2-0.1016 Å2-0.7631 Å2-0.0439 Å2--0.6253 Å2
L1.4834 °2-0.4247 °2-1.7558 °2-1.3284 °21.1086 °2--4.2439 °2
S0.1516 Å °-0.4108 Å °0.1207 Å °0.5507 Å °-0.1271 Å °-0.2768 Å °-0.2222 Å °-0.1177 Å °0.0003 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA35 - 1196
2X-RAY DIFFRACTION1allA1501 - 1701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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