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- PDB-6tpi: EnvC bound to the FtsX periplasmic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpi
タイトルEnvC bound to the FtsX periplasmic domain
要素
  • Cell division protein FtsX
  • Murein hydrolase activator EnvC
キーワードPROTEIN BINDING / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site ...division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / ATPase complex / positive regulation of cell division / response to radiation / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / hydrolase activity / response to xenobiotic stimulus / cell division / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3040 / : / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / ABC3 transporter permease protein domain ...Alpha-Beta Plaits - #3040 / : / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / : / Peptidase M23 / Peptidase family M23 / Duplicated hybrid motif / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsX / Murein hydrolase activator EnvC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Crow, A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust214105/Z/18/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M01116X/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Insights into bacterial cell division from a structure of EnvC bound to the FtsX periplasmic domain.
著者: Cook, J. / Baverstock, T.C. / McAndrew, M.B.L. / Stansfeld, P.J. / Roper, D.I. / Crow, A.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Murein hydrolase activator EnvC
B: Cell division protein FtsX
C: Cell division protein FtsX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,6433
ポリマ－67,6433
非ポリマー00
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Complex purified using an affinity tag only on FtsX.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area32130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.031, 100.470, 107.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 110 - 205 / Label seq-ID: 3 - 98

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2CC

-
要素

#1: タンパク質 Murein hydrolase activator EnvC / Septal ring factor


分子量: 43117.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: envC, yibP, b3613, JW5646 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P37690
#2: タンパク質 Cell division protein FtsX


分子量: 12262.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: ftsX, ftsS, b3462, JW3427 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AC30
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% PEG 8000, 20 % Ethylene glycol, 0.1 M Tris/bicine pH8.5, ) 0.12M monosaccarides (glucose, mannose, galactose, fucose, xylose, NAG)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55.823 Å / Num. obs: 43252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3494 / CC1/2: 0.767 / Rpim(I) all: 0.577 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BH5 and 4N8O

4bh5

4n8o


解像度: 2.1→55.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.669 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.2
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2747 2102 4.9 %RANDOM
Rwork0.2148 ---
obs0.2177 41086 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 209.69 Å2 / Biso mean: 58.531 Å2 / Biso min: 25.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.71 Å20 Å20 Å2
2--4.86 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→55.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4500 0 0 229 4729
Biso mean---47.74 -
残基数----578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4761.6456186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2591.5799996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1915583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08322.334287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77215851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8371547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02948
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2391 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.2 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2C
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 152 -
Rwork0.346 2990 -
all-3142 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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