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- PDB-4n8o: Crystal structure of Mycobacterial FtsX extracellular domain, bro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n8o
タイトルCrystal structure of Mycobacterial FtsX extracellular domain, bromide derivative
要素Cell division protein FtsX
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cell wall
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3040 / : / Cell division protein FtsX / FtsX, extracellular domain / FtsX extracellular domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / Cell division protein FtsX
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mavrici, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Mycobacterium tuberculosis FtsX extracellular domain activates the peptidoglycan hydrolase, RipC.
著者: Mavrici, D. / Marakalala, M.J. / Holton, J.M. / Prigozhin, D.M. / Gee, C.L. / Zhang, Y.J. / Rubin, E.J. / Alber, T.
履歴
登録2013年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsX
B: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,40510
ポリマ－25,9292
非ポリマー4768
水2,828157
1
A: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子

B: Cell division protein FtsX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,40510
ポリマ－25,9292
非ポリマー4768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-y+1,x+1,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11590 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.167, 133.167, 28.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsX / Signalling protein A


分子量: 12964.396 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 45-157 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: ftsX, MT3185, MTCY164.12c, Rv3101c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WG19
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 291 K / pH: 8
詳細: 25% PEG MME 2000, 150mM KBr, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.92004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月15日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92004 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.8 % / 数: 256255 / Rmerge(I) obs: 0.371 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.99 Å / Num. obs: 33526 / % possible obs: 99.2
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancy
8.915038199.50.0321.22914
6.38.916831000.0651.07814.3
5.146.38921000.0940.99813.8
4.455.1410791000.0711.05114.3
3.984.4511761000.0761.06414.2
3.643.9813281000.1051.07714.1
3.373.6414511000.1341.0613.9
3.153.3715341000.2051.01913.7
2.973.1516531000.2791.00313.6
2.822.9717571000.41.00213.4
2.692.8218331000.5510.9913.4
2.572.6919081000.7751.00713.2
2.472.5720221000.948
2.382.4720511001.12
2.32.3821951001.211
2.232.321731001.503
2.162.2323071001.723
2.12.1624021002.165
2.042.123911002.487
1.992.04231090.23.255
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 21912 / Num. obs: 21912

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.08 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.23 / 位相誤差: 21.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1106 5.05 %
Rwork0.191 --
obs0.193 21912 99.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1560 0 8 157 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8882134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.298600
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004286
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3024-2.40710.29851460.26032650X-RAY DIFFRACTION99
2.4071-2.53410.28481340.26162541X-RAY DIFFRACTION100
2.5341-2.69280.30691410.22862606X-RAY DIFFRACTION100
2.6928-2.90070.25051410.21282629X-RAY DIFFRACTION100
2.9007-3.19250.22911440.20032589X-RAY DIFFRACTION100
3.1925-3.65440.22391420.16642580X-RAY DIFFRACTION100
3.6544-4.60350.19641320.15162591X-RAY DIFFRACTION100
4.6035-47.09150.22571260.17132620X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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