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万見
- PDB-6tpb: NMR structure of the apo-form of Pseudomonas fluorescens CopC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tpb
タイトルNMR structure of the apo-form of Pseudomonas fluorescens CopC
要素Putative copper resistance protein
キーワードCHAPERONE / periplasmic / Copper binding / histidine brace
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion transport / response to copper ion / periplasmic space / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Copper transport protein C/D / CopC domain / CopC domain / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper resistance protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Persson, K.C. / Mayzel, M. / Karlsson, B.G. / Peciulyte, A. / Olsson, L. / Wittung Stafshede, P. / Salomon Johansen, K. / Horvath, I.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
European Commission608473 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR structure of Pseudomonas fluorescens CopC
著者: Persson, K.C. / Mayzel, M. / Karlsson, B.G. / Peciulyte, A. / Olsson, L. / Wittung Stafshede, P. / Salomon Johansen, K. / Horvath, I.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative copper resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1101
ポリマ－10,1101
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5730 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2020
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Putative copper resistance protein


分子量: 10110.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: PFLU_3946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3JYL7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D HNCA
1101isotropic13D HN(CO)CA
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(COCA)CB
171isotropic13D 1H-15N NOESY
1141isotropic13D H(CCO)NH
1131isotropic13D C(CO)NH
1121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CopC, 90% H2O/10% D2O
Label: Sample 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.7 mM / 構成要素: CopC / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態詳細: 40mM MES, 150mM NaCl / イオン強度: 150 mM / Label: Buffer / pH: 5.6 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
WHAT IFVriend精密化
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3 / 詳細: The program Yasara was used
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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