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- PDB-6tp5: Crystal structure of human Transmembrane prolyl 4-hydroxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tp5
タイトルCrystal structure of human Transmembrane prolyl 4-hydroxylase
要素Transmembrane prolyl 4-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Prolyl-4-hydroxylase / 2-oxoglutarate-binding protein / Transmembrane protein / EF-hand / Double-stranded beta helix / Iron-binding protein / Calcium-binding protein / HIDEA syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase / peptidyl-proline hydroxylation to 4-hydroxy-L-proline / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / regulation of erythrocyte differentiation / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
: / GLYCINE / N-OXALYLGLYCINE / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Transmembrane prolyl 4-hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Sutinen, A. / Koski, M.K. / Kallio, J.P. / Raasakka, A. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. / Koivunen, P.
資金援助 フィンランド, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland308009 フィンランド
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure of transmembrane prolyl 4-hydroxylase reveals unique organization of EF and dioxygenase domains.
著者: Myllykoski, M. / Sutinen, A. / Koski, M.K. / Kallio, J.P. / Raasakka, A. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. / Koivunen, P.
履歴
登録2019年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane prolyl 4-hydroxylase
B: Transmembrane prolyl 4-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,37026
ポリマ－96,6982
非ポリマー5,67224
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, SEC-SAXS results indicate protein is a dimer in solution., light scattering, SLS results indicate molecular weight is between monomer and dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12270 Å2
ΔGint54 kcal/mol
Surface area34820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.079, 92.079, 129.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transmembrane prolyl 4-hydroxylase / P4H-TM / Hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase 4 / HPH-4


分子量: 48349.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P4HTM, PH4 / プラスミド: pFastBAC Dual / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NXG6, hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase

-
糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 7種, 155分子

#5: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#8: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: Well solution: 0.1 M Tris-HCl pH 9, 22% Tert-butanol, 1 mM N-oxalylglycine Protein solution: 10 mM Tris-HCl pH 7.8, 0.1 M NaCl, 0.1 M Glycine, 2 mM CaCl2, 0.02 mM FeSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50.3 Å / Num. obs: 57041 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 60.76 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 7.35
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 4799 / CC1/2: 0.18 / Rpim(I) all: 1.34 / Rrim(I) all: 2.38 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
XDSMar 15, 2019データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2jig

2jig


解像度: 2.25→50.3 Å / SU ML: 0.3991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.2415
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2213 2008 3.52 %
Rwork0.1815 --
obs0.1829 57031 98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5874 0 366 135 6375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00486374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69648637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443978
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041092
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.56524508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.310.36931040.36713151X-RAY DIFFRACTION77.96
2.31-2.370.37751440.34973923X-RAY DIFFRACTION98.12
2.37-2.440.3411500.32893998X-RAY DIFFRACTION99.88
2.44-2.520.37331420.30793960X-RAY DIFFRACTION99.88
2.52-2.610.32041490.27934028X-RAY DIFFRACTION99.9
2.61-2.710.27231480.24454025X-RAY DIFFRACTION99.86
2.71-2.840.28521460.22553966X-RAY DIFFRACTION99.83
2.84-2.990.28631470.22864029X-RAY DIFFRACTION99.81
2.99-3.170.26241440.20924039X-RAY DIFFRACTION99.9
3.17-3.420.26591510.1933970X-RAY DIFFRACTION99.78
3.42-3.760.21591500.16673982X-RAY DIFFRACTION99.81
3.76-4.30.17471510.14483999X-RAY DIFFRACTION99.28
4.3-5.420.16231500.13723982X-RAY DIFFRACTION99.42
5.42-50.280.18911320.15493971X-RAY DIFFRACTION98.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.097143992590.3945406030550.4139368980232.399777003560.8700846759963.020904179480.0139388683258-0.1180613594370.3101322546160.04645630288440.22490037816-0.381213399349-0.3874078762990.338007985408-0.2132879976140.478715291561-0.1349717886610.08461150443440.41713090614-0.03923423916880.4661854685618.515911598930.9942246763-1.31210523319
27.34636501127-1.346143996753.10490690256.174965554231.18089936587.454311807820.21694191840.5035552047070.0203189224668-0.4354686207680.1203429897270.270807269249-0.0184628588633-0.0537964547516-0.3379729508780.63647842541-0.0181688362633-0.05251355566240.4505898454680.1305448562120.435909974625-10.592821120728.99044746-17.7633061667
34.54419420821-0.03942696077120.1872632904021.72528809230.2657624977821.55543500503-0.01941453353790.05336081475670.59563656666-0.1860761767810.269155656579-0.258523992001-0.4713138443440.321406287353-0.2256279959050.668879986314-0.1084642998210.1191615560660.441704647984-0.08924497281290.57576629236813.637070166438.0232352403-0.939202292186
42.97304719047-0.08405620746-0.6658117241132.192682740650.5366612953122.22645462070.09231640075230.1490235817580.474171840408-0.3378471090310.170769546901-0.347842314422-0.5630817439290.318179584522-0.175895284860.576671347062-0.08946367810450.07528964412090.414499736109-0.03846002388970.50602951061715.940179259331.9538835912-6.51452339482
53.075373808110.584993652572-1.016356473113.21245109976-1.658575832833.67047959831-0.004991795437510.6833583475860.533015814031-0.1818007893360.4174986113050.78045369004-0.198764627163-0.694973120133-0.3304906262040.4707710033920.06437376410960.009342854243290.7091299270840.2178441252310.797201002622-28.84713064823.429993913110.384566444
63.251883753150.136459832918-0.6893408689132.99426910974-0.4537360563724.697579712140.537169366621-0.9034008120350.5964283493590.6243272895960.173279317919-0.0323875434714-0.6315006365050.763781750605-0.4316926354370.756478794062-0.07283020922550.1545385592970.769316516599-0.2065282333990.599304583641-2.2154865950532.975192570624.6485387327
77.4075729345-0.436577419047-2.312751590783.32152686582-0.2291248754152.992306566020.214855170397-0.1104174243621.06897091230.4682441620380.3568819178640.913714088095-0.572554002605-0.666535612223-0.4818505698010.6051203313020.1207603711070.152311174830.5882012199340.2379606914010.935686805253-26.617263909530.981756387815.1356463833
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 107 through 194 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 195 through 256 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 340 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 341 through 481 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 108 through 189 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 190 through 288 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 289 through 374 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 375 through 481 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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