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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tnt | |||||||||
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タイトル | SUMOylated apoAPC/C with repositioned APC2 WHB domain | |||||||||
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![]() | CELL CYCLE / APC/C / APC2 / WHB domain / SUMOylation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / cullin family protein binding / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / heterochromatin / regulation of mitotic cell cycle / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / mitotic spindle / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphatase binding / molecular adaptor activity / cell differentiation / protein ubiquitination / cell cycle / cell division / negative regulation of gene expression / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å | |||||||||
![]() | Barford, D. / Yatskevich, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanisms of APC/C release from spindle assembly checkpoint inhibition by APC/C SUMOylation. 著者: Stanislau Yatskevich / Jessie S Kroonen / Claudio Alfieri / Thomas Tischer / Anna C Howes / Linda Clijsters / Jing Yang / Ziguo Zhang / Kaige Yan / Alfred C O Vertegaal / David Barford / ![]() ![]() 要旨: The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is an E3 ubiquitin ligase that controls cell cycle transitions. Its regulation by the spindle assembly checkpoint (SAC) is coordinated with the ...The anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C) is an E3 ubiquitin ligase that controls cell cycle transitions. Its regulation by the spindle assembly checkpoint (SAC) is coordinated with the attachment of sister chromatids to the mitotic spindle. APC/C SUMOylation on APC4 ensures timely anaphase onset and chromosome segregation. To understand the structural and functional consequences of APC/C SUMOylation, we reconstituted SUMOylated APC/C for electron cryo-microscopy and biochemical analyses. SUMOylation of the APC/C causes a substantial rearrangement of the WHB domain of APC/C's cullin subunit (APC2). Although APC/C SUMOylation results in a modest impact on normal APC/C activity, repositioning APC2 reduces the affinity of APC/C for the mitotic checkpoint complex (MCC), the effector of the SAC. This attenuates MCC-mediated suppression of APC/C activity, allowing for more efficient ubiquitination of APC/C substrates in the presence of the MCC. Thus, SUMOylation stimulates the reactivation of APC/C when the SAC is silenced, contributing to timely anaphase onset. | |||||||||
履歴 |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 925.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 203.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 310.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY
#1: タンパク質 | 分子量: 216725.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 CPFHJK
#3: タンパク質 | 分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 T![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1183.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: ![]() |
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#16: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 0.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 初期オイラー角割当 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137954 / 対称性のタイプ: POINT |