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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tno | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human Arc N-lobe bound to stargazin | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / Arc / capsid homology | ||||||
機能・相同性 | ![]() LGI-ADAM interactions / neuronal ribonucleoprotein granule / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / cerebellar mossy fiber / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / endoderm development / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization ...LGI-ADAM interactions / neuronal ribonucleoprotein granule / eye blink reflex / positive regulation of protein localization to basolateral plasma membrane / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / cerebellar mossy fiber / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / endoderm development / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / membrane hyperpolarization / Trafficking of AMPA receptors / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / regulation of cell morphogenesis / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of long-term synaptic potentiation / protein targeting to membrane / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / positive regulation of AMPA receptor activity / voltage-gated calcium channel complex / anterior/posterior pattern specification / neuromuscular junction development / regulation of long-term synaptic depression / transmission of nerve impulse / regulation of neuronal synaptic plasticity / membrane depolarization / AMPA glutamate receptor complex / voltage-gated calcium channel activity / long-term memory / somatodendritic compartment / cytoskeleton organization / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / response to calcium ion / endocytic vesicle membrane / cell migration / actin cytoskeleton / dendritic spine / membrane raft / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hallin, E.I. / Bramham, C.R. / Kursula, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural properties and peptide ligand binding of the capsid homology domains of human Arc. 著者: Hallin, E.I. / Bramham, C.R. / Kursula, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8863.826 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1113.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide from stargazin / 由来: (合成) ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.89 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 1.4 M trisodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 17135 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 36.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.048 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1246 / CC1/2: 0.921 / Rrim(I) all: 0.451 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4x3h 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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