[日本語] English
万見
- PDB-6tm6: MUC2 CysD1 domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tm6
タイトルMUC2 CysD1 domain
要素Mucin-2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / extracellular / polymer / CysD / mucin / calcium / disulfide / WXXW
機能・相同性
機能・相同性情報


inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion ...inner mucus layer / outer mucus layer / host-mediated modulation of intestinal microbiota composition / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / maintenance of gastrointestinal epithelium / mucus secretion / detoxification of copper ion / cupric ion binding / Dectin-2 family / cuprous ion binding / Golgi lumen / : / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucin 2, oligomeric mucus/gel-forming / Mucin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Khmelnitsky, L. / Fass, D.
資金援助2件
組織認可番号国
European Research Council310649
Israel Science Foundation1775/12
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers.
著者: Gabriel Javitt / Lev Khmelnitsky / Lis Albert / Lavi Shlomo Bigman / Nadav Elad / David Morgenstern / Tal Ilani / Yaakov Levy / Ron Diskin / Deborah Fass /
要旨: The respiratory and intestinal tracts are exposed to physical and biological hazards accompanying the intake of air and food. Likewise, the vasculature is threatened by inflammation and trauma. Mucin ...The respiratory and intestinal tracts are exposed to physical and biological hazards accompanying the intake of air and food. Likewise, the vasculature is threatened by inflammation and trauma. Mucin glycoproteins and the related von Willebrand factor guard the vulnerable cell layers in these diverse systems. Colon mucins additionally house and feed the gut microbiome. Here, we present an integrated structural analysis of the intestinal mucin MUC2. Our findings reveal the shared mechanism by which complex macromolecules responsible for blood clotting, mucociliary clearance, and the intestinal mucosal barrier form protective polymers and hydrogels. Specifically, cryo-electron microscopy and crystal structures show how disulfide-rich bridges and pH-tunable interfaces control successive assembly steps in the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus. Remarkably, a densely O-glycosylated mucin domain performs an organizational role in MUC2. The mucin assembly mechanism and its adaptation for hemostasis provide the foundation for rational manipulation of barrier function and coagulation.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mucin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9023
ポリマ－10,8221
非ポリマー802
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.879, 57.854, 27.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1536-

HOH

21A-1610-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mucin-2


分子量: 10822.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUC2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0G2JR65, UniProt: Q02817*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM citrate/phosphate buffer, pH 4.4, with 15% ethanol and 1% PEG 1K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→15.46 Å / Num. obs: 10882 / % possible obs: 94.93 % / 冗長度: 22.9 % / Biso Wilson estimate: 19.85 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 37.79
反射 シェル解像度: 1.63→1.689 Å / Num. unique obs: 737 / CC1/2: 0.938

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHELXDE位相決定
PHENIX1.17_3644精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.63→15.23 Å / SU ML: 0.1758 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 1970 9.94 %
Rwork0.1736 --
obs0.1774 10882 93.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→15.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数747 0 2 111 860
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96071037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1911101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.670.2905860.2846708X-RAY DIFFRACTION52.1
1.67-1.720.27171080.22351027X-RAY DIFFRACTION75.12
1.72-1.770.21211140.20621267X-RAY DIFFRACTION91.64
1.77-1.820.20221480.18911323X-RAY DIFFRACTION98.46
1.82-1.890.22221560.17621324X-RAY DIFFRACTION99.33
1.89-1.960.25881530.18131374X-RAY DIFFRACTION99.61
1.96-2.050.21521520.16821347X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.160.19871370.16531358X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.30.20811640.1711366X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.470.24261460.16391347X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.720.22121620.17561346X-RAY DIFFRACTION100
2.72-3.110.23091530.17291351X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.910.1891450.16651351X-RAY DIFFRACTION100
3.91-15.460.18771460.16921364X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る