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- PDB-6tl8: Structural basis of SALM3 dimerization and adhesion complex forma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tl8
タイトルStructural basis of SALM3 dimerization and adhesion complex formation with the presynaptic receptor protein tyrosine phosphatases
要素Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
キーワードCELL ADHESION / LEUCINE RICH REPEAT / SYNAPSE / SALM3
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-inhibiting signal transduction / protein tyrosine phosphatase activator activity / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / synaptic membrane adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-8 production / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of interleukin-1 beta production ...immune response-inhibiting signal transduction / protein tyrosine phosphatase activator activity / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of monocyte activation / sialic acid binding / synaptic membrane adhesion / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-8 production / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of interleukin-1 beta production / tertiary granule membrane / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of presynapse assembly / specific granule membrane / positive regulation of protein secretion / cell-cell adhesion / postsynaptic density membrane / GABA-ergic synapse / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / peroxisome / cell-cell signaling / signaling receptor activity / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / cell adhesion / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine rich repeat ...: / : / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Fibronectin type III domain / Leucine-rich repeat / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid cell surface antigen CD33 / Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Karki, S. / Shkumatov, A.V. / Bae, S. / Ko, J. / Kajander, T.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Jane and Aatos Erkko Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural basis of SALM3 dimerization and synaptic adhesion complex formation with PTP sigma.
著者: Karki, S. / Shkumatov, A.V. / Bae, S. / Kim, H. / Ko, J. / Kajander, T.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
B: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
C: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
D: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,9526
ポリマ－130,5104
非ポリマー4422
水32418
1
A: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
D: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4763
ポリマ－65,2552
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
2
B: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
C: Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4763
ポリマ－65,2552
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.450, 132.160, 134.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Myeloid cell surface antigen CD33,Leucine-rich repeat and fibronectin type-III domain-containing protein 4 / Sialic acid-binding Ig-like lectin 3 / Siglec-3 / gp67


分子量: 32627.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: - "MPLLLLLPLLWAGALA" aminoacid residues in n-terminal are from CD33 signal peptide - "MDK" residues in n-terminal are the residues from Drosophila pRMHA3 expression vector - "GTRGSL " ...詳細: - "MPLLLLLPLLWAGALA" aminoacid residues in n-terminal are from CD33 signal peptide - "MDK" residues in n-terminal are the residues from Drosophila pRMHA3 expression vector - "GTRGSL " residues in c-terminal are from Drosophila pRMHA3 expression vector - "EVLFQ" residues in c-terminal are residues from Prescission protease,- "MPLLLLLPLLWAGALA" aminoacid residues in n-terminal are from CD33 signal peptide - "MDK" residues in n-terminal are the residues from Drosophila pRMHA3 expression vector - "GTRGSL " residues in c-terminal are from Drosophila pRMHA3 expression vector - "EVLFQ" residues in c-terminal are residues from Prescission protease
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: CD33, SIGLEC3, Lrfn4, Salm3 / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P20138, UniProt: Q80XU8
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.17 M ammonium sulfate pH 7.5, 25% w/v PEG 4000, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 26991 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 80.02 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/av σ(I): 8.9 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1886 / CC1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 6F2O

6f2o


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.398
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1347 5.01 %RANDOM
Rwork0.2619 ---
obs0.2631 26902 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.16 Å2 / Biso mean: 88.27 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2735 Å20 Å20.0099 Å2
2---2.8054 Å20 Å2
3---6.0789 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.67 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7258 0 28 18 7304
Biso mean--109.12 22.01 -
残基数----1010
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2324SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1283HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7466HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1012SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4622SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7466HARMONIC20.006
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10254HARMONIC20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.38
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 27 5.01 %
Rwork0.2918 512 -
all0.2932 539 -
obs--91.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9565-0.6236-0.32156.1875-2.63363.07160.0361-0.07620.30130.0926-0.0512-0.3754-0.09160.31770.0151-0.8629-0.0561-0.01081.0193-0.0786-0.8348-29.026315.30926.5309
21.6072-0.19690.05233.1196-0.81491.1769-0.07790.121-0.29070.14610.0285-0.33030.10220.23430.0494-0.79320.04430.05481.22680.0054-0.8163-29.1982-1.57675.3762
31.9348-0.1756-0.11843.2802-0.85983.0556-0.1124-0.26580.3240.50640.20010.2097-0.7037-0.4491-0.0877-0.6483-0.0059-0.01120.9677-0.0586-0.7477-42.819814.835893.8438
41.4958-0.29520.261.6710.60511.11720.04590.2966-0.2444-0.557-0.01340.11710.5519-0.2617-0.0325-0.55980.01180.02131.1118-0.0211-0.7664-42.6784-0.69018.1282
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A16 - 278
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B14 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C16 - 279
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D16 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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