PDB-6tkf: ChiLob 7/4 H2 HC-C225S KappaLC-C214S F(ab')2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tkf

タイトル

ChiLob 7/4 H2 HC-C225S KappaLC-C214S F(ab')2

要素

ChiLob 7/4 H2 Heavy chain C225S
ChiLob 7/4 H2 Kappa light chain C214S

キーワード

IMMUNE SYSTEM / ---- / antibody

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Orr, C.M. / Fisher, H. / Tews, I.

引用

ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2022
タイトル: Hinge disulfides in human IgG2 CD40 antibodies modulate receptor signaling by regulation of conformation and flexibility.
著者: Orr, C.M. / Fisher, H. / Yu, X. / Chan, C.H. / Gao, Y. / Duriez, P.J. / Booth, S.G. / Elliott, I. / Inzhelevskaya, T. / Mockridge, I. / Penfold, C.A. / Wagner, A. / Glennie, M.J. / White, A.L. ...

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tkf.cif.gz	168.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tkf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tkf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tkf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tkbC 6tkcC 6tkdC 6tkeC 6faxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cfk-1 1l7i-d 6u6o-d 5i1a-1 2gcy-d 6dwi-6 5ifa-d 5i1h-d 2uyl-4 6z3k-3 5i1a-2 4jzn-1 4gaj-d 6dwi-2 5nbw-1 5b6f-3 4r7n-9 6u3z-2 6x1u-1 1axs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: ChiLob 7/4 H2 Heavy chain C225S

LLL: ChiLob 7/4 H2 Kappa light chain C214S

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, gel filtration, native gel electrophoresis, SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.105, 149.105, 45.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: 抗体	ChiLob 7/4 H2 Heavy chain C225S 分子量: 25099.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	ChiLob 7/4 H2 Kappa light chain C214S 分子量: 23447.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 1000, PEG 3350, MPD, MOPS/HEPES-Na

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.7 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→129.13 Å / Num. obs: 30651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.023 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2591 / CC_1/2: 0.762 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FAX

6fax

解像度: 2.18→48.854 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	1490	4.861 %
R_work	0.1961	-	-
all	0.198	-	-
obs	-	30650	99.805 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.424 Å²	0.212 Å²	0 Å²
2-	-	0.424 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.375 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→48.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3265	0	0	248	3513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	2969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.647	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.447	1.572	6949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	20.418	5.329	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.4	23.841	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.215	15	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	45.748	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.679	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	660
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	241
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.227	3.821	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.201	3.816	1712
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.652	5.708	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.635	5.707	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.914	4.189	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.913	4.19	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.732	6.11	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.732	6.112	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.815	44.501	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.692	44.211	3567

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.237	0.405	107	0.356	2085	X-RAY DIFFRACTION	98.0322
2.237-2.298	0.369	100	0.345	2111	X-RAY DIFFRACTION	99.6844
2.298-2.365	0.364	98	0.337	2034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.365-2.437	0.329	135	0.252	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
2.437-2.517	0.311	73	0.207	1918	X-RAY DIFFRACTION	100
2.517-2.606	0.257	74	0.186	1873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.606-2.704	0.286	80	0.211	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.704-2.814	0.249	96	0.203	1699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.814-2.939	0.229	80	0.196	1655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.939-3.083	0.239	64	0.189	1609	X-RAY DIFFRACTION	99.9403
3.083-3.249	0.241	89	0.196	1502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.249-3.446	0.224	79	0.195	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
3.446-3.684	0.241	62	0.191	1361	X-RAY DIFFRACTION	100
3.684-3.979	0.209	72	0.162	1247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.979-4.358	0.179	58	0.149	1156	X-RAY DIFFRACTION	100
4.358-4.872	0.161	57	0.138	1064	X-RAY DIFFRACTION	100
4.872-5.625	0.187	69	0.158	912	X-RAY DIFFRACTION	100
5.625-6.885	0.299	36	0.212	790	X-RAY DIFFRACTION	100
6.885-9.724	0.184	39	0.166	627	X-RAY DIFFRACTION	99.8501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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