PDB-6tk8: GSTF1 F122T variant from Alopecurus myosuroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tk8

タイトル

GSTF1 F122T variant from Alopecurus myosuroides

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione-S-transferase / Ligandin / flavonoid binding / mult-herbicide resistence

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.78 Å

データ登録者

Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Steel, P.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: GSTF1 from Alopecurus myosuroides
著者: Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Steel, P.G.

履歴

登録	2019年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tk8.cif.gz	89.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tk8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/6tk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tjsSC 6tnlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pnf-2 6f01-d 4jed-1 4ri7-d 3vwx-1 5f06-d 3lkj-d 2vd0-2 6ezy-d 4pnf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.590, 112.590, 104.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 24915.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-VDW / [(2~{S})-5-[[(2~{R})-1-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-1-oxidanylidene-3-sulfanyl-propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-1,5-bis(oxidanylidene)pentan-2-yl]azanium 分子量: 308.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Morpheus screen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.78→43.6 Å / Num. obs: 8791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.78→2.93 Å / R_merge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 315 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TJS

6tjs

解像度: 2.78→43.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.532 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2505	478	5.484 %
R_work	0.1802	-	-
all	0.184	-	-
obs	-	8717	99.725 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.244 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.78→43.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1649	0	20	5	1674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.679	1.637	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.402	1.566	3613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.81	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.086	21.728	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.486	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.996	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.233	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.096	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.257	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.507	8.259	851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.508	8.255	850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.815	12.389	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.81	12.395	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.978	8.704	863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.981	8.7	862
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	11.93	12.809	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.925	12.811	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.497	97.363	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.498	97.363	1911

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.78-2.852	0.412	32	0.349	600	X-RAY DIFFRACTION	99.842
2.852-2.93	0.386	35	0.323	570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.015	0.299	26	0.297	576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.015-3.108	0.367	27	0.266	560	X-RAY DIFFRACTION	99.8299
3.108-3.209	0.369	25	0.254	532	X-RAY DIFFRACTION	100
3.209-3.322	0.315	33	0.242	522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.322-3.447	0.246	36	0.223	480	X-RAY DIFFRACTION	99.0403
3.447-3.587	0.298	25	0.194	500	X-RAY DIFFRACTION	100
3.587-3.747	0.249	30	0.167	454	X-RAY DIFFRACTION	99.7938
3.747-3.929	0.208	36	0.151	432	X-RAY DIFFRACTION	99.5745
3.929-4.141	0.236	22	0.123	436	X-RAY DIFFRACTION	99.7821
4.141-4.391	0.191	18	0.132	405	X-RAY DIFFRACTION	99.7642
4.391-4.694	0.271	27	0.128	368	X-RAY DIFFRACTION	99.2462
4.694-5.068	0.214	40	0.128	340	X-RAY DIFFRACTION	100
5.068-5.55	0.222	17	0.151	332	X-RAY DIFFRACTION	99.7143
5.55-6.201	0.243	6	0.172	316	X-RAY DIFFRACTION	100
6.201-7.153	0.324	9	0.231	278	X-RAY DIFFRACTION	100
7.153-8.743	0.28	15	0.166	240	X-RAY DIFFRACTION	100
8.743-12.29	0.147	12	0.157	180	X-RAY DIFFRACTION	100
12.29-43.6	0.301	7	0.231	118	X-RAY DIFFRACTION	96.1538

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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