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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tjb | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the computationally designed Cake2 protein | |||||||||||||||
![]() | Cake2 | |||||||||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Beta-propeller / computationally designed / symmetrical / repeat protein | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Laier, I. / Mylemans, B. / Noguchi, H. / Voet, A.R.D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural plasticity of a designer protein sheds light on beta-propeller protein evolution. 著者: Mylemans, B. / Laier, I. / Kamata, K. / Akashi, S. / Noguchi, H. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9020.912 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4M potassium nitrate, 26% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→48.82 Å / Num. obs: 18200 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 43.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1744 / CC1/2: 0.82 / Rpim(I) all: 0.402 / Rrim(I) all: 1.499 / Χ2: 0.96 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Computational model 解像度: 2.3→48.82 Å / SU ML: 0.3034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.6822 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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