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万見
- PDB-6tip: Engineered streptavidin variant (YNAFM) in complex with the Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tip
タイトルEngineered streptavidin variant (YNAFM) in complex with the Strep-tag II peptide
要素
  • Strep-tag II peptide
  • Streptavidin
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / LOOP ENGINEERING / PROTEIN ENGINEERING / STREP-TAG / STREPTAVIDIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Skerra, A. / Eichinger, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: The Role of Changing Loop Conformations in Streptavidin Versions Engineered for High-affinity Binding of the Strep-tag II Peptide.
著者: Schmidt, T.G.M. / Eichinger, A. / Schneider, M. / Bonet, L. / Carl, U. / Karthaus, D. / Theobald, I. / Skerra, A.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide
Q: Strep-tag II peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3305
ポリマ－29,3144
非ポリマー161
水93752
1
A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide
ヘテロ分子

A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide
ヘテロ分子

A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide
ヘテロ分子

A: Streptavidin
P: Strep-tag II peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,69212
ポリマ－58,6288
非ポリマー644
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/21
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area14370 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area21270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.560, 57.560, 181.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 134 / Label seq-ID: 3 - 122

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-B)


分子量: 13438.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド Strep-tag II peptide / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-Q)


分子量: 1218.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide SAWSHPQFEK carries an anthraniloyl/2-aminobenzoyl (BE2) group at the N-terminus and an amide group at the C-terminus.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: ammonium sulfate, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月5日 / 詳細: Si mirror
放射モノクロメーター: Si 111 Double-Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.897→91.066 Å / Num. all: 18752 / Num. obs: 18752 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.2 % / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.165 / Rsym value: 0.156 / Net I/av σ(I): 1.1 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 173120
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.218.50.3381.72272026740.1230.3610.3384.599.9
2.21-2.3510.10.26922551225220.0860.2830.2695.7100
2.35-2.519.50.2322.32267823860.0770.2440.2326.3100
2.51-2.718.40.2012.51873822210.0730.2140.2017100
2.71-2.979.80.1553.12026020650.050.1630.1559.199.5
2.97-3.329.70.1423.21829618820.0480.150.14210.499.7
3.32-3.838.90.1283.41512117010.0450.1360.12810.6100
3.83-4.79.70.1193.71400314390.0390.1250.11911.7100
4.7-6.648.50.1253.4986411620.0460.1340.12510.899.7
6.64-57.568.50.2170.759287000.0840.2340.21710.698.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.13 Å57.56 Å
Translation4.13 Å57.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QBB

6qbb


解像度: 2.1→57.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.162 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.1971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.165
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 937 5 %RANDOM
Rwork0.1995 ---
obs0.2009 17772 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 271.1 Å2 / Biso mean: 80.554 Å2 / Biso min: 10.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.54 Å20 Å20 Å2
2---2.54 Å2-0 Å2
3---5.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→57.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1130 0 1 52 1183
Biso mean--60.95 40.07 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122048
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0181756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.6512799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3781.5784050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2725258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.45222100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52215281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02481
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3215 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 68 -
Rwork0.204 1289 -
all-1357 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1228-0.1969-0.08723.41520.1813.44370.0676-0.0258-0.10730.16130.09960.45190.0969-0.306-0.16720.0178-0.00580.02430.04020.04130.111-15.58073.9946-42.9939
23.47260.40630.24080.1318-0.10380.255-0.13240.02120.5584-0.01630.1870.1636-0.0569-0.1042-0.05461.71340.0022-0.02551.5144-0.01140.4827-13.628.1277-2.8888
32.73251.4131-0.418211.8815-7.41574.75790.0288-0.6298-0.07330.72970.02070.0399-0.3458-0.1774-0.04950.4133-0.01320.08510.34590.11870.1687-10.8661-1.2729-29.007
410.4657-4.5845-1.87532.88142.16143.7019-0.07660.46040.69370.361-0.224-0.012-0.3516-0.36380.30060.9175-0.055-0.03710.63820.05120.4105-6.98178.7466-16.458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 135
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3P3 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4Q3 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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