PDB-6tio: Structure of A. niger Fdc Wt in complex with FMN and benzothiophe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tio

タイトル

Structure of A. niger Fdc Wt in complex with FMN and benzothiophene 2 carboxylic acid

要素

Ferulic acid decarboxylase 1

キーワード

LIGASE / (de)carboxylase / UbiD / aromatic acid / prFMN

機能・相同性

機能・相同性情報

styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus niger (黒麹菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Leys, D.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Enzymatic C-H activation of aromatic compounds through CO 2 fixation.
著者: Aleku, G.A. / Saaret, A. / Bradshaw-Allen, R.T. / Derrington, S.R. / Titchiner, G.R. / Gostimskaya, I. / Gahloth, D. / Parker, D.A. / Hay, S. / Leys, D.

履歴

登録	2019年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2020年9月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.3	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tio.cif.gz	225.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tio.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6tio_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6tio_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6tio_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	6tio_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/6tio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tibC 6ticC 6tieC 6tihC 6tijC 6tilC 6tinC 4zaaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ev9-1 6tih-1 6r3i-1 6r2r-1 6ev4-1 6r3j-1 6tic-1 4zad-d 6r34-1 6r2t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.390, 63.283, 87.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase 分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 468分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-ND8 / benzothiophene 2 carboxylic acid / ベンゾ[b]チオフェン-2-カルボン酸分子量: 178.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→95.57 Å / Num. obs: 78889 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 19027 / CC_1/2: 0.5 / R_rim(I) all: 0.816

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ZAA

4zaa

解像度: 1.54→64.482 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.656 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.075 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1951	3869	4.908 %
R_work	0.1479	-	-
all	0.15	-	-
obs	-	78838	99.736 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.328 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.449 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.121 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→64.482 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3807	0	46	463	4316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	4224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.98	1.659	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.59	1.581	8935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.788	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.54	21.929	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.437	15	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.344	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	4886
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	3667
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.102	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.076	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.841	1.739	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.835	1.738	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.404	2.617	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.405	2.618	2724
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.291	1.938	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.291	1.938	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.745	2.827	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.742	2.826	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.663	22.117	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.662	22.115	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.838	3	8057

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.54-1.58	0.38	231	0.344	5437	0.345	5751	0.56	0.578	98.5568	0.318
1.58-1.623	0.323	270	0.309	5363	0.309	5635	0.703	0.72	99.9645	0.28
1.623-1.67	0.32	273	0.283	5173	0.285	5447	0.73	0.761	99.9816	0.259
1.67-1.721	0.32	265	0.246	5071	0.25	5343	0.775	0.823	99.869	0.224
1.721-1.778	0.25	237	0.213	4934	0.215	5177	0.865	0.878	99.8841	0.192
1.778-1.84	0.242	265	0.174	4702	0.178	4967	0.91	0.924	100	0.154
1.84-1.909	0.206	236	0.15	4637	0.153	4875	0.926	0.942	99.959	0.131
1.909-1.987	0.211	208	0.138	4433	0.142	4653	0.935	0.951	99.7421	0.12
1.987-2.076	0.169	231	0.12	4225	0.122	4459	0.957	0.964	99.9327	0.105
2.076-2.177	0.178	224	0.111	4048	0.114	4286	0.956	0.97	99.6734	0.099
2.177-2.294	0.182	203	0.102	3877	0.106	4085	0.958	0.975	99.8776	0.091
2.294-2.433	0.154	168	0.099	3716	0.101	3884	0.967	0.978	100	0.09
2.433-2.601	0.16	171	0.098	3441	0.101	3616	0.968	0.979	99.8894	0.089
2.601-2.809	0.171	195	0.109	3200	0.113	3407	0.966	0.975	99.6478	0.101
2.809-3.077	0.166	150	0.124	2968	0.126	3143	0.968	0.974	99.2046	0.116
3.077-3.439	0.178	154	0.139	2701	0.141	2855	0.967	0.975	100	0.132
3.439-3.969	0.166	140	0.127	2416	0.129	2556	0.971	0.979	100	0.119
3.969-4.856	0.145	121	0.111	2041	0.113	2169	0.981	0.984	99.6773	0.1
4.856-6.849	0.188	78	0.158	1628	0.159	1719	0.976	0.979	99.2438	0.148
6.849-64.482	0.207	49	0.179	958	0.18	1019	0.957	0.967	98.8224	0.163

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