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万見
- PDB-6tin: Structure of A. niger Fdc WT in complex with FMN and indole 2 car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tin
タイトルStructure of A. niger Fdc WT in complex with FMN and indole 2 carboxylic acid
要素Ferulic acid decarboxylase 1
キーワードLIGASE / (de)carboxylase / UbiD / aromatic acid / prFMN
機能・相同性
機能・相同性情報


styrene metabolic process / aromatic amino acid family catabolic process / phenacrylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 1H-indole-2-carboxylic acid / : / : / Ferulic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Leys, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K017802 英国
European Research Councilpre-FAB 695013 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Enzymatic C-H activation of aromatic compounds through CO 2 fixation.
著者: Aleku, G.A. / Saaret, A. / Bradshaw-Allen, R.T. / Derrington, S.R. / Titchiner, G.R. / Gostimskaya, I. / Gahloth, D. / Parker, D.A. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0876
ポリマ－56,3361
非ポリマー7515
水8,359464
1
AAA: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子

AAA: Ferulic acid decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,17312
ポリマ－112,6722
非ポリマー1,50110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.894, 63.934, 87.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Ferulic acid decarboxylase 1 / Phenacrylate decarboxylase


分子量: 56335.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: fdc1, An03g06590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2QHE5, phenacrylate decarboxylase

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非ポリマー , 5種, 469分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ICB / 1H-indole-2-carboxylic acid / 1H-インド-ル-2-カルボン酸


分子量: 161.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→64.79 Å / Num. obs: 139040 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 39655 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 0.818 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4ZAA

4zaa


解像度: 1.28→64.704 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.216 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 6826 4.972 %
Rwork0.1604 --
all0.162 --
obs-137282 98.717 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 11.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.117 Å20 Å20 Å2
2---0.174 Å20 Å2
3---0.057 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→64.704 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3807 0 46 464 4317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0134244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2231.6625819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6811.5838976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7765556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.621.929197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34115684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7531526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.024900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.2904
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.23657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22023
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0880.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1190.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2150.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2250.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.240.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0651.0612142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0651.062141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4151.6022725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4141.6032726
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9311.2662102
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9311.2662103
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.331.8173094
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3291.8163093
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.99913.7914992
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.99913.794993
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.98138097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.28-1.3130.364730.33393350.334101480.7380.76696.64960.324
1.313-1.3490.3585550.32591140.32799010.7630.77897.65680.311
1.349-1.3880.364610.30190010.30397020.7970.81897.52630.283
1.388-1.4310.2984280.26587420.26693800.8550.86597.76120.244
1.431-1.4780.3164350.24684890.24991010.8620.88498.05520.222
1.478-1.5290.2554500.20482260.20788050.9020.91998.53490.179
1.529-1.5870.2574410.19179430.19484970.910.92798.67010.166
1.587-1.6520.2133950.16177350.16482150.9380.94898.96530.138
1.652-1.7250.2223910.14874200.15178740.9350.95499.19990.126
1.725-1.8090.23300.13671520.13975400.9510.96199.23080.117
1.809-1.9070.1763570.11967850.12171770.9620.97299.51230.103
1.907-2.0230.1613370.1264470.12268030.9660.97699.72070.107
2.023-2.1620.1463100.11760690.11964010.9760.97899.65630.107
2.162-2.3350.1422930.11256640.11459750.9760.9899.69870.103
2.335-2.5580.1582780.10852360.1155240.9720.97999.8190.1
2.558-2.8590.1442430.11547660.11650270.9760.9899.64190.108
2.859-3.3010.1572160.14442370.14444560.9710.97499.93270.14
3.301-4.040.1521980.14735900.14737930.9750.97599.86820.147
4.04-5.7020.1671430.12928490.13129930.9790.98699.96660.133
5.702-64.7040.175920.19516550.19417520.9510.9699.71460.194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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